邱臣遠今受訪表示，行政、司法、立法三權分立的原則之下，檢調在會期期間進到最高民意機關立法院搜索，對國會茲事體大，游錫堃還有秘書長林志嘉，第一時間說接到函請，依法批示同意，但北檢事後打臉說只是電話通知。
憲法增修條文第4條第8項明定，立法委員除現行犯外，在會期中非經立法院許可，不得逮捕或拘禁。邱臣遠批評（檢調15日搜索）破壞憲政體制，身為國會龍頭的院長，應該維及國會尊嚴，不該破壞憲政體制的慣例，他不希望這樣的事情再度發生。
他提到，司法是人民的最後一道防線，要取信人民，辦案就要符合比例原則，不要淪政治辦案，特定媒體也不該過度渲染、帶風向；與此同時，新竹棒球場、台南88槍擊、學甲爐渣案等重大案子中，都未見檢調有如此大動作的搜索或辦案。
邱臣遠轉而批評執政團隊擴大行政權，據傳食藥署申請項目錯誤導致台灣糕餅遭封殺，邱臣遠說，食藥署長吳秀梅態度非常強硬，主管機關第一時間居然是甩鍋業者，就連先前的黑心快篩試劑，吳也直接回嗆自家的立委林淑芬，邱臣遠質疑她後台強硬有人撐。
邱臣遠表示，民進黨主政之下，行政權擴大、傲慢，司法辦案違背比例原則，甚至讓民意機關尊嚴被踐踏，三權獨立互相尊重的體制蕩然無存、失職失能，民眾黨團要表達沉重的遺憾跟抗議。
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