北院審理時，黃惠玟、陳奐宇、陳昱愷3人認罪，並請法官依法減刑且宣告緩刑，王郁文、高虹安則始終否認犯罪。
高虹安辯稱，她一再確認合法性才同意採用零用金制度，且助理都有實際加班，時數也都超過上限，有資格依法申報請領加班費，助理也在申請單簽名蓋章，她才核批。此外，辦公室的零用金非她保管、支配，她也沒有挪為私用，助理酬金及助理費入助理的帳戶後，就是助理的私人財產，是否捐出來當零用金，均由黃惠玟詢問助理意願。
高虹安還說，與助理對零用金的認知都是用在公務上，助理認為有公務需要，就可以支用，不必知會她，她也沒有浮報、虛報助理酬金或助理費，不可能詐領助理費。北檢公訴檢察官則論告指出，高虹安詐領犯行是低薪高報、製作助理酬金、加班費差額，以施用詐術方式領取公款。
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去年8月14日，台北地檢署認定新竹市長高虹安於立委任內詐領助理費新台幣46萬30元，經度傳喚高虹安說明，歷經8個月偵查終結後依《貪污治罪條例》公務員利用職務機會詐取財物罪、公務員登載不實罪起訴高虹安及辦公室主任陳奐宇、黃惠玟、助理王郁文、陳昱愷等5人。北檢痛斥。高虹安財力豐厚卻貪圖小利，壓榨助理詐領助理費46萬30元，犯後態度不佳，依貪污等罪起訴，建請法院妥予量刑，並宣告褫奪公權。
檢方起訴指出，立法院於2020年度分別編列「公費助理」工作計畫預算、「問政相關業務」工作計畫預算。每名立委公費助理至14人每月酬金42萬4360元，加班費每月8萬4872元，每名委員有每月7萬9072元的「問政相關業務經費」。此外，高虹安領有立委薪資19萬餘元，財團法人永齡教育慈善基金會另每月支應10萬元給網路媒體公司協助高虹安從事立委職務。
檢方還說，高虹安自2020年2月27日起至同年11月止，要求公費助理黃惠玟等人配合，以虛報或浮報助理每月受領酬金、加班值班費到預算上限金額，並將虛報或浮報酬金差額、加班費差額繳回給高虹安，供高虹安自行決定用途及運用。
北檢統計，高虹安浮報助理酬金及加班費共計62萬5238元，扣除實際用於支付公費或私聘助理薪資、獎金共16萬5208元，總計詐得46萬30元。另高虹安將這些款項用在餐飲、禮品、花籃、紅包、高鐵、計程車等個人支付的零用金支出，甚至連雙眼皮貼、衛生棉、洗頭、卸妝棉補充包、頭痛藥、台大醫藥費等都是個人使用。
起訴還痛批，高虹安擁有傲人的學經歷，曾擔任鴻海公司中階主管，每月領有立委月薪19萬餘元及問政費用7萬餘元、銀行存款達1200萬餘元，竟分毫不用問政業務經費，反壓榨憚於權勢的下屬助理配合共同虛報、浮報酬金、加班費，流用於委員辦公室及個人私用等支出。
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此外，資策會指控高虹安於資策會任職期間，因職務研發成果取得專利，專利申請人卻不是資策會，因而控告高虹安涉犯背信罪，但北檢認定沒有積極證據證明高虹安犯行，對她不起訴處分。
根據地方制度規定，縣市首長若涉嫌《貪污治罪條例》等罪，經一審判處有期徒刑以上之刑者，將停止其職務，若經二審改判無罪，可復職；但判刑確定者，將解職，並於3個月內完成補選，但若剩餘任期不足2年，就不再補選，由內政部報請行政院派員代理至任期屆滿。高虹安明天一審若因貪汙罪被判有罪，將依規定停職。
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