民進黨立委邱志偉在臉書發文還原學生時代寫論文的過程。邱志偉說，1998年因為美中台三角關係正熱，台灣也興起了中國研究熱潮，而台灣大學三民主義研究所，也就是現今的國發所，當時是中國研究的重鎮之一，因此他報考台大三研所大陸組一般生，他也有幸能通過考試，進入中國研究的大門。
邱志偉讚陳明通在地方派系研究上相當傑出，但同時，也深耕當年還屬新崛起領域的中國研究。加上對陳上課內容感到相當契合，因此自然的選擇陳明通作為指導教授。陳相當關心學生，在他撰寫論文期間，每週都必須和老師meeting，論文草稿陳都非常細心提供各種修改建議。但一次次的修正論文，確實也讓問題意識更明確、內容更加嚴謹，分析架構更加清晰。
邱志偉回憶，2000年畢業時，三研所正式改名為國家發展研究所，他也因此成了更名後國發所的第一位畢業生。在就讀研究所的這段時間，他仍相當感謝陳明通的指導與協助，讓他能在中國研究打下不錯的基礎，並且順利完成7章17節，共計185頁、9萬餘字的碩士論文。而他畢業後順利考取中山大學大陸研究所，繼續攻讀博士學位。
邱志偉坦言，2000年台灣大學的離校手續，僅有規範要繳交碩士論文紙本，並沒有電子論文的要求。經查現在的臺灣博碩士論文知識加值系統，是自2010年才上線，但在他唸台大研究所的年代，並沒有這樣的電子論文系統。畢業時，均按照台灣大學離校手續規定，繳交紙本畢業論文，在國家圖書館皆可查詢，絕無所謂173位論文不公開的說法。
邱志偉最後強調，當年認識陳明通時，陳並無任何官職，僅是單純的台大教授，他是老師的第12位指導畢業學生。至今，他依然相當感謝陳明通教授的指導，尤其是對論文撰寫過程給予相當多建議，令他獲益良多，「我從不忘師恩」，也希望外界許多不實的影射、錯誤的傳言，皆能夠盡早結束。
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