吳正己表示，針對女足事件，以最沉痛的心情，代表學校，向受害同學、家長，以及所有關心教育與人權的社會大眾，致上最深的歉意。他在聲明中提到，女足學生在未獲妥善知情同意的情況下，長期配合研究抽血，且在師生關係不對等的權力結構下，遭遇言語威脅與心理壓力。
吳正己指出，經本校研究倫理委員會調查與校園霸凌防治委員會審議，已確認涉案教師違反倫理規範，並構成對學生之霸凌。
聲明中強調，此次事件是學校管理與監督的失責，學校會全面檢討教練聘任與考核制度、運動代表隊的訓練與課程設計，及學術研究倫理審查與監督機制，並負起相關責任：
1.教育部及各界對學校的嚴厲譴責，我們誠心接受，也對於女子足球隊的學生，再次致歉。
2.對於三級教評會的決議，本校將立即啟動程序、重新審議，並於二周內依法盡快完成相關懲處。
3.對於教育部、國科會，以及檢調單位的調查，學校會全力配合，提供所需資料；校內調查若發現不法情事，也將主動依法究責。
4.在教評會重新審議過程中，校方會依教師法審議暫時停聘之處置，以避免教練與有關學生的任何接觸行為。
5.學生反映受試費用未收到之情事，已正再次進行確認中，過往學生所有繳回作為隊費的費用，一定會全數退還給予學生。
6.課程制度即刻調整：運動競技學系大四之「專長訓練」必修課程，已經教務會議決議，自下學期起改爲選修，確保學生有自由選擇的權利。
7.後續學生的諮商輔導，學校會持續關注，提供校內外相關的資源，幫助學生回復身心健康。
8.教育部對於學校、主持人及共同主持人研究倫理的處罰，學校坦然接受，未來將全面檢討學術倫理審查及督導機制，並推動提升學術倫理教育。
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