北院法官依序訊問先訊問幹子昀、梁碧茵、游秀鈴，3人均否認傷害致死犯行，且自承在團體裡跟一般師兄、師姊一樣，沒有主導地位，且陳稱王蕰老師案發當時雖在現場，但都是在做自己的事，且認為蔡女可能因為生病才死亡，沒有傷害致死動機。
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法官訊問幹子昀等3人近4小時後，認定3人仍有羈押原因與必要，因此裁定3人全部羈押禁見。接著，王蕰出庭表示不認罪，且自承已多年未管理讀書會、精舍及水月草堂等事務，他還哽咽表示，對蔡女之死也感到難過，自己曾過她2、3次，還在撰寫長篇著作台灣史記，另在北所遭同房年輕辱罵三字經、殺人犯，感奈自己近70歲，經常老淚縱橫，無法適應這輩子從未經歷的生活，願意配合不與涉案之人接觸，讓法官確認他不會串證、逃亡下，請求交保。
裁定指出，幹子昀、梁碧茵、游秀鈴3人均否認傷害致死犯行，根據卷內資料顯示，3人涉犯傷害致死及強制等罪嫌疑重大，且對是否參與本案，供述更是避重就輕，與其他共犯供述也出入甚大，又根據相關人證、物證，足認3人有串滅證舉動，更審酌共犯等人的關係處於嚴密的上下隸屬，組織分明，既使起訴，3人仍有利用組織及控制力影響其他共犯翻共風險。
此外，國民法官未來審理未必能接觸所有卷證，且審理有變動性，3人仍有為脫免罪責而影響共犯之虞，又3人涉犯5年以上重罪，3人為脫罪責，仍有逃亡可能，若以較輕手段仍不足以擔保審理順利進行，認定有羈押原因與必要性，因此裁定3人羈押禁見。
全案共有13名人被起訴，除精舍領袖王蘊及游秀鈴、幹子昀、梁碧茵等3女護法等4人被收押禁見，還包括在颱風夜運屍的女住持吳慧珠、信徒姜芃妤、李淵源，以及在體罰現場的信徒呂莉芳、吳榜丹、黃文琪、李宸宇及李威、簡瑀家夫婦等人，其中李威因全盤托出案情，讓檢方得以追訴共犯，因此依《證人保護法》請求法院予以輕判或免刑。
北檢起訴指出，王江鎮對外自稱「王薀老師」，對信眾則自稱「上師」，他的住處稱「讀書會」，而3大女護法幹子昀、游秀鈴、梁碧茵是她最信賴的「讀書會師姐」，3人都住在讀書會樓上，而信眾平常則在附近的「水月草堂」茶館聚會。
檢方查出，去年2月下旬，負責讀書會財務的蔡姓女會計，被王薀質疑算錯帳，導致王蕰離婚後的財產分配少了數百萬元，還被質疑傳染新冠肺炎給幹子昀，又對信眾不禮貌，王薀因此召開「研討會」，討論該如何改善蔡女行為，因此要求蔡女剃度出家。
蔡女因無法接受光頭形象而拒絕，但經幹子昀請示王薀後，去年5月19日深夜，王蕰與女尼吳慧珠在眾人眼前，強迫蔡女剃頭，還要求蔡女每天做五體投地的「大禮拜」400到500次，蔡女不堪受罰，一度到陽台跨越欄杆揚言自殺，王薀才下令蔡女與吳慧珠轉往精舍同住，但每天還是要持續做大禮拜。
直到2024年7月1日起，因三大護法之一的梁碧茵不慎得罪王薀，經開會「研討」後，王蕰等人命蔡女、梁女互罵，還要互背對方行走2公尺，或是背著對方跳起來，或在地上打滾，之後，王薀又命身高只有141公分的蔡女在「水月草堂」內助跑跳高，想辦法摸到天花板上的燈具。
蔡女持續被凌虐至7月23日，身心不堪負荷達極限，而王蕰另名得意門生、藝人李威(本名李翊瑋)與妻子簡瑀家也參與批鬥大會，當天王薀命令蔡女「說自己哪裡做錯，請求原諒」，信眾也跟著怒罵「妳是啞巴嗎」、「趕快道歉」，蔡女被逼做了2次小禮拜後就拒絕配合，此時，幹女等3大女護法直接抓蔡女衣領，強逼她反覆起身、下跪，李威等人則在一旁吆喝，要蔡女「不要裝了」。
蔡女最後體力不支倒地後，信眾們還不死心對彩女推拉、踹踢，直到24日凌晨1點40分，當時颱風侵襲，戶外風雨交加，王薀因此先回「讀書會」，留下的信眾繼續將蔡女拉到水月草堂門口淋雨，信眾為避免外人撞見，還刻意撐傘遮蔽，最後再以透明雨衣、膠帶將蔡女拉到手推車上載回精舍，同日凌晨3時許，精舍住持吳慧珠與李淵源、姜芃妤發現蔡女有異，隨即通報王蕰及護法後成立「0724臨時」群組討論，決定延至同日上午10時15分在通報救護車。
遺憾的是，救護人員到場後發現蔡女已無呼吸心跳而死亡未送醫，經通報檢警後，檢察官會同法醫相驗，確認蔡女因全身多出瘀傷導致橫膈膜溶解症，併輕度外傷性神經軸索損傷導致休克死亡。姜芃妤為避免案情曝光，還將裝有蔡女物品的黃色袋子及手推車丟棄，吳慧珠則刪除與蔡女對話訊息並換手機，李威則依王蕰指示，召開網路會議指導吳女及信徒
如何應對檢警訊問，李威夫妻等人還依王蕰指示，找了約300位律師諮詢。
北檢深入追查後，發現王薀就是全案主謀，他雖否認犯案，還將責任推給幹(讀音同韓)子昀、游秀鈴、梁碧茵，聲稱她們不聽他的話，若她們聽話就不會發生這種事，但檢察官認為王蕰是在推諉卸責，仍依傷害致死、幫助傷害致死、強制、幫助強制等罪起訴王薀等13人。
