柯文哲卸任台北市長後，遭檢舉在市長任內包括京華城、台智光、北市科、第一漁果市場改建、南港轉運站BOT及政治獻金假帳案等，其中京華城弊案獎勵容積部分，柯文哲涉嫌圖利京華城111億餘元，以及威京集團主席沈慶京與市議員應曉薇涉嫌行收賄4740萬元等案情較為明確，但他被扣的隨身碟檔案中有「小沈 1500 沈慶京」等可疑內容，檢方懷疑與柯文哲涉嫌貪污受賄有關，檢察官仍需繼續調查釐清。
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此外，北檢也同步調查柯文哲的政治獻金假帳案，檢方懷疑京華城的賄款與政治獻金有關，因此這段時間密集偵辦，傳喚相關證人、被告，到目前為止，京華城案被告加上今天改列被告的許芷瑜，已累積至22人。
由於柯文哲、沈慶京、應曉薇、吳順民、彭振聲、李文宗、朱亞虎等7人目前再押，而應曉薇等5人押期將陸續屆滿，北檢不排除會以共犯未到案，還有金流仍待調查等理由，向北院聲請延押2個月。
此外，周刊今天報導柯文哲的USB隨身碟被檢廉破解，除確認沈慶京期約、行賄柯文犯行，並勾稽出行賄金流，而他的大將，現任基隆市副市長邱佩琳與金主處理募款的模式也因此曝光，據了解，還有超過300筆與沈慶京賄款有關的政治獻金仍待調查，且柯文哲心腹秘書「橘子」許芷瑜疑奉命赴日至今未歸，且沈慶京生病又行使緘默權，導致偵辦進度落後，預期檢方將聲請延押柯文哲等在押被告，並傳喚許芷瑜到案，若傳拘不到，不排除追緝。
週刊還報導，檢廉破解柯文哲的USB隨身碟後，他的十大政治獻金金主也隨之曝光，且處理企業捐款的關鍵大將就是基隆市副市長邱佩琳，她至少經手7位知名企業家超過千萬元。
此外，今年3月間，橘子接到柯文哲指令將現金交接給李文宗後，並將她身邊的400萬元現金保管好，橘子隨即赴日，但她8月27日突然回國，而應曉薇當天在台中機場出境前被攔下，8月29日凌晨被檢方聲押後，橘子又接獲柯文哲命令出境，她一早又飛往日至今未歸，她是否赴日處理金流有待釐清。對此報導內容，檢方尚未證實。
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