鄭文燦涉貪案中，桃園地檢署提出具體金流以及監聽譯文，揪出綑綁現金的「銀行圖樣有貓膩」甚至在鄭文燦住處主臥室暗櫃搜出678萬5千元現金，讓鄭文燦不僅遭到羈押47天，還在8月27日遭到起訴。
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反觀柯文哲涉圖利、貪污案，儘管京華城案雖頗有爭議，但檢廉大動作搜索民眾黨中央黨部（柯辦公室）、柯文哲住處，卻未掌握對價關係及金流事證；甚至有媒體報導柯妻陳佩琪在ATM存款大額現金，卻無法查出與京華城案有何相關，遭質疑「誰放的消息？」另北檢還誤導院方，聲稱京華城案關係人邵琇珮「畏罪潛逃」，遭當事人打臉，表示之前根本未被傳喚，現在才緊補破網。
且很多「重要關係人」北檢不先處理，卻直接逮捕、聲押柯文哲，是否有人給予壓力？雖然調查、起訴，本就是檢察官的職權，但必須基於證據，然北檢在偵辦過程荒腔走板，也涉及「有罪推定」、「羅織罪名」，更出現了偵查不獨立，甚至為了回應外界輿論壓力而「洩密造謠」，恐已扼殺司法公信力。
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