1938年高雄中學教師土屋恭一發現柴山小溪貝塚遺址，距今約 1500年至400年前，高市文化局委託專家學者對內惟（小溪貝塚）遺址進行研究調查，確定具有保存及指定價值，2012年2月3日正式公告為市定遺址。這也是繼左營舊城遺址、東沙遺址、萬山岩雕群遺址、鳳鼻頭（中坑門）遺址後，高雄市第五處市定遺址。
小溪貝塚遺址出土遺物中，除了各種貝類，還可見紅褐色夾砂陶、黑色陶環、石器等，及生態遺物如水鹿、豬、家犬類骨質，另還發現澎湖橄欖玄武岩製石斧，證明早期台灣與澎湖群島的往來互動關係。中研院研究員劉益昌則確認小溪貝塚遺址除了具有史前貝塚遺跡遺址，且是歷史紀錄中描述平埔族馬卡道族打狗社原住民的生活空間，具有生態及文化保存價值。
另外，清康熙年間鳳山縣庠生(生員) 卓夢采，寫下「鳳岫春水」、「泮水荷香」、「龍目井泉」、「半屏列嶂」等詩作，為描述左營、鼓山佳作，兒子卓肇昌是乾隆15年(西元1750年)舉人，詩作「鼓山八詠」、「龜山八景」也是在地書寫知名詩句。卓夢采卒於乾隆23年(西元1758年)，墓座位於柴山，為清朝漢人墓葬式樣，形制完整，現況尚佳，墓前有象徵功名地位的旗杆座，因此2006年12月5日高雄市政府宣告為市定古蹟。
文史作家麥漢鳴在1999年9月在《高市文獻》發表〈壽山的百年古墓〉中，紀錄11座清朝中後期百年古墓，年代距今144至244年前，9座是華人墳，2座是洋人墳。其中年代最久的是「王孺人墓」，位於柴山軍事管制區，碑文年代是寫乾隆歲次丙申年，即清高宗乾隆41年，西元1776年，據麥訪問當地王姓耆老，此墓並非柴山早期住民，應該是外地人氏選擇此處安葬，因此處背山面海，局勢廣闊，氣宇非凡，風水極佳，可庇蔭子孫。
另外，還有皇清歲進士諡敬肅吳府君墓，「歲進士」其實不是真的進士，而是歲貢生的別稱，敬肅不是本名，而是「諡號」，麥漢鳴查閱《鳳山縣采訪冊》，乾隆、嘉慶年代考上歲貢生的名單中，祖籍福建的吳姓歲貢生有吳際元（乾隆8年）、吳志澤（嘉慶12年），依年份推測應為吳志澤。
《壹蘋新聞網》近日在北柴山步道上，則發現康熙庚子年(康熙59年，西元1720年)的古墓，堂號「莆邑」，碑文「顯考祖琴張公」(張琴)，將古墓年代整整推前了56年，柴山移民歷史證據從乾隆年代上推到康熙年代，康熙之後，還有嘉慶(嘉慶癸酉年，西元1816年)、道光(道光丁亥年，1827年，堂號「銀同」、道光壬寅，西元1842年，堂號「雲霄」、道光戊申，1848年，堂號「漳南」)、咸豐(咸豐乙卯年，西元1855年、咸豐戊午年，1858年)、光緒(光緒丁丑年，西元1877 年，堂號「海豐」)年間古墓。
《壹蘋》並發現，在這些清代古墓周邊一定有人工排列的「堆石結構」作為地基，就地取材使用柴山的咾咕石（石灰岩），大多沒有敲平修整就堆砌，並不像日式工法結構，只是要形成小平台以作為墓埕，並防止土石流動，紀錄呈現清朝漢人造墓工法。台灣習俗先人遷葬多會將墓碑破壞，但這些古墓墓碑完整，均未有遷葬痕跡，且雜草叢生，顯然沒有後代掃墓祭祀。
另外，日治時期古墓也有參雜其中，一座在棧道0.7K處的昭和丙子年(西元1936年)古墓，至今仍有子孫在清明節掃墓。民國之後，則有二座堂號為「內惟」的墳墓。所有古墓最高分布在海拔160公尺步道小徑，年代是昭和三年(西元1928年)。
最早研究柴山古墓的文史作家麥漢鳴說，柴山古墓大多無文資認定，官方也無資料，很多在軍方管制區內，無法進入，但像是「歲進士」較特別，建議文化局進行系統性調查，比照外國人公墓專書，出版專書。1726年的古墓應該是最早的古墓，但其實他曾在柴山西麓見過才50公分高，5-6公分厚的小型墓碑，是明朝永曆間麥姓先人，但民國70、80年就找不到了，可能是開闢產業道路而挖除，非常可惜。
高雄文史作家廖德宗說，不僅柴山上有堂號「內惟」的墓碑，他在大寮也見過堂號「大寮」的墓碑，左營也有，這些大多出現在日治末期、二戰結束之後，堂號直接用聚落地名，是因為根本沒有族譜、堂號，就直接寫在地。古墓見證開發史、墓葬形式，非常值得進一步調查研究。
另外值得一提，與柴山同屬國家自然公園內的龜山，因具有神格風水，一般人不敢來亂葬，目前只發現三座墓，一個是清代天明法師，一位是有當官的地主藍家的老夫人(清道光戊申，西元1848年)，一個則是無字的墓碑。
文史作家陳坤毅說，柴山週邊是高雄最早有平埔族人活動蹤跡區域，之後漢人跨海到此拓墾，帶來不同的墓葬文化，在山上建有不少先人的安息之地，康熙年間塋塚是漢人移民開始定居內惟一帶的見證之一。然而柴山北側多數區域後來被劃入軍事管制區，有些塋塚因缺乏維護，逐漸傾圮，而幸運者則有像被指為市定古蹟的卓夢采墓。
陳說，目前山上還存在一門嘉慶年間的吳府君墓，墓碑上鐫刻「皇清歲進士諡敬肅吳府君墓」，從其郡號南靖推測，應是在乾隆年間的拔貢吳超宗，推測是柴山上人物塋塚中地位最高者，整體形制規模應不小，不過多數構造被掩蓋在表土之下，期待未來若有機會成為法定文化資產，能夠好好整理重現。
國家自然公園管理處表示，壽山為高雄地區發展甚早的區域之一，迄今仍保有許多歷史人文遺跡。壽山國家自然公園園區內壽山、大(小)龜山及半屏山上尚有數座先民所興築的墓葬建築，是珍貴的歷史文化資源。
管理處為調查及研究園區內墓葬建築，今年起委託高雄市舊城文化協會執行「壽山國家自然公園墓葬建築文化資源調查計畫」，以充分瞭解園區內墓葬建築的文化資源數量與歷史脈絡，西元1776年所建之王孺人墓也是調查對象，預計於112年底結案，屆時應有豐碩之研究成果資料。
舊城文化協會理事長郭吉清說，國家自然公園範圍內，包括柴山、龜山都有古墓。日治時期柴山只剩一個聚落山頂庄，就是現在桃源里，內惟這一側居民都是住在山下，所以會葬在山上，也有些葬在山上是考量風水，可以看見老家的方向，有看顧後人的意味。
郭透露，戰後軍方在龜山頂上擴建原來是17世紀清代營房的哨所曾發現一塊墓碑，是曹洞宗42代天明禪師，大約在道光、咸豐年間。天明禪師是福建福州湧泉寺住持，應邀來台弘法，湧泉寺寺記載，天明來台半年即無訊息，又派四十三代法師來台，沒想到原來天明禪師在此圓寂，而此處附近還有臨濟宗的興隆寺(觀音亭)舊址，墓碑見證佛教宗教傳播、族群遷徙歷史。
至於柴山、龜山也都有以咾咕石堆成墓埕，有墓碑但卻無碑文，是否是當年未大遷移、留在內惟一帶的平埔族？南部平埔族原本是室內葬，是否因漢化而仿漢人造墓？ 非常值得探究。
高雄市文化局表示，文資需經審認後才能登錄，年代不是唯一考量，以歷史建築為例，有下列三基準：一、表現地域風貌或民間藝術特色者。二、具建築史或技術史之價值者。三、具地區性建造物類型之特色者。以目前高雄登錄墓塚為例，目前有卓夢采墓、後勁林建中墓、葉宗禮墓、陳中和墓、甲仙鎮海軍墓、明寧靖王墓六處。如果只有一塊墓碑，即使年代有300年，如果缺乏在地連結、無故事可說，就恐怕無法登錄文資。
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