2021年1月22日，邱淑媞在臉書點出指揮中心「4個要命的邏輯錯誤」，「1.桃醫的醫護接觸者不應該居家隔離」，應採1人1戶的做法，或入住防疫旅館，否則會危及家人，「2.院內群聚發生，不應只出不進，應該要只進不出、不進不出」，她認為如果真的要准許出院，一樣應該比照入境者「採取一人一戶的作法，或入住防疫旅館。」，指出如果有這樣做就不會出現新增2例本土案例。
「3.不管檢測是否陰性，全部要一人一室隔離治療，才不會交叉感染」，邱淑媞指出，因為這其中可能有假陰性、潛伏期的患者。「4.太多社區病例趴趴走，應該要立即擴大社區採檢，包括桃園和雙北」，她指出，現在每增加一例就要增加28天危險期，悲觀認為「看來，春節商機，不論是桃園，乃至全臺，是要泡湯了。一連串要命的錯誤，加上遲遲不擴大採檢，坐以待斃，造成這種局面。」
當邱淑媞提出批判後，湧入許多網友在底下留言圍剿，有人痛批「你如果這麼會防疫，2003年怎會做成這樣？」、「在妳主導之下和平醫院的封院結果，員工57人感染，7人死亡。院內民眾97人感染、24人死亡，其中1人自殺。看看這些人！妳怎麼還好意思講這些話？」、「你是最沒有資格評論的人！」、「最沒有資格說話的人就是妳，妳還自己跳出來被打臉」、「妳是全臺灣最沒資格指責現任防疫中心的人之一」，還有人指她是殺人幫兇。
邱淑媞認為名譽受辱，對一大票留言網友提出告訴，警方受理後找到28名真實身分的網友，其中還包括主播陳乃瑜、插畫家謝立聖、牙醫史書華等人，並將這28人函送北檢偵辦。
不過台北地檢署調查後認為，當年SARS封院是一個與國人健康有重大影響的醫療政策，為可受公評之事，而網友基於這個事實進行評論，對公眾議題表達自己的看法，或許用字遣詞尖酸刻薄，引起告訴人不悅，但並非以誹謗為唯一目的，因此認為罪嫌不足，全都處分不起訴。
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