判決指出，《人團法》定義的「政黨」必須是全國性政治團體，且須以「推薦候選人參加公職人員選舉」為目的，所以「政黨」只是「政治團體」的類別之一，在這個前提下，《政黨法》的「政黨」概念，不包括《人團法》的「一般性政治團體」。
合議庭認為，《政黨法》施行之後，並未排除《人團法》的「一般性政治團體」相關規定，也就是說，現行法律仍然允許人民成立及經營「一般性政治團體」，而「一般性政治團體」成員也受到《憲法》結社自由等保障，且《政黨法》並未定義「政治團體」一詞，因此《政黨法》所稱的「政治團體」概念，不等於《人團法》對「政治團體」的定義，若將「一般性政治團體」納入《政黨法》適用範圍，將造成《政黨法》否定「一般性政治團體」，但《人團法》卻又承認「一般性政治團體」的法律矛盾。
另外，合議庭查閱《政黨法》相關條文立法理由及資料，認為《政黨法》的立法，從來不是要迅速、立即消滅現存已依《人團法》立案的「一般性政治團體」，而是要藉由《社會團體法》、《職業團體法》等一系列配套立法，漸進式地將「政黨」與「一般性政治團體」分流規範。
因此，在《社會團體法》尚未完成立法，且《人團法》仍未廢止或刪除有關「一般性政治團體」規定的狀況下，如果硬將《政黨法》所稱「已立案之政治團體」解釋為包含「一般性政治團體」，將侵害「一般性政治團體」及成員的結社自由。
台北高等行政法院認為，既然婦聯會是「不以參與選舉為目的」的一般性政治團體，內政部就不得依《政黨法》廢止立案、下令辦理清算，因此今判決婦聯會勝訴。可上訴。
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