臺灣存託憑證TDR爭議源於《證券交易法》第6條第1項規定：「本法所稱有價證券，指政府債券、公司股票、公司債券及經主管機關核定之其他有價證券。」，而金管會一貫主張臺灣存託憑證，是採用財政部76年9月12日（76）臺財證（二）字第00900號公告核定之其他具投資性質之有價證券。
社團法人中華人權協會指出，臺北地院先前承審違反《證券交易法》案件之合議庭周占春法官、周玉琦法官、李鴻維法官，認為主管機關雖以900號公告核定外國公司股票等，為我國證券交易法上之有價證券，只是並未直接將臺灣存託憑證明文列入核定範圍，之後又認臺灣存託憑證即為「外國其他具投資性質之有價證券」，致生爭議。
中華人權協會認為，臺灣存託憑證為新興金融商品，未經主管機關以上開方式核定，而以制定《證券交易法》第22條第4項授權之「外國發行人募集與發行有價證券處理準則」，對臺灣存託憑證的募集與發行加以規範。
而奇怪地是，政府機關認為法律授權行政機關之核定權不得以制定行政命令之方式行使，又非以《證券交易法》第6條第1項後段，而是以《證券交易法》第22條第4項授權之「外國發行人募集與發行有價證券處理準則」加以核定，亦逾越授權範圍。
再者，《證券交易法》第6條第1項後段之規定，就行政機關核定權之行使，無任何目的、範圍、內容之限制，亦有違授權明確性之要求。因此臺北地院先前承審合議庭周占春、周玉琦與李鴻維三位法官，認為《證券交易法》第6條第1項後段、外國發行人募集與發行有價證券處理準則第3條第7款規定，有違反憲法上法律保留原則及授權明確性原則之疑義，聲請解釋並宣告違憲而無效。
司法院大法官雖於108年9月27日第1497次會議作成會台字第13275號不受理決議，該次會議共計作出176筆不受理決議，實有清倉之嫌。
協會批評，司法院大法官108年9月27日第1497次會議根本未實質審查有無違反法律保留原則及授權明確性原則之處，只是程序不受理而已！並未認為《證券交易法》第6條第1項後段、外國發行人募集與發行有價證券處理準則第3條第7款規定沒有違憲情形。
臺灣存託憑證是否屬證券交易法上的有價證券，具有重大爭議，參與該研討會之學者專家齊聲呼籲，應修法予以改善，以落實人權保障。
連司法實務上審理相關案件的臺北地院先前承審合議庭法官，亦聲請解釋憲法，足見當務之急應由立法者透過修正《證券交易法》方式，使臺灣存託憑證法律地位得以明確，否則將滋生法律適用上之疑義，導致冤案叢生。
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