廟方指出，「五門式大牌樓」自民國71年（1982年）由匠師王錦木監造，選用珍貴台灣紅檜，依古法「六柱五間、二通三瓜」工藝搭建，為台灣罕見的巨型木構建築，長年以來為進香信眾重要地標，如今因為丹娜絲強風毀損，實為莫大損失。
「台灣宗教百景」網頁也介紹，南鯤鯓代天府的牌樓，屬亞洲地區最大的「五門式木作大牌樓」，全部使用實木接榫建造，12根大木柱取自台灣已禁砍伐的一整棵千年紅檜木，直徑約81公分、高14公尺。
廟方表示，原本的檜木牌樓結構物會先經整理後收藏於適當地點，未來再評估是否重建，若重建則會考慮改用鋼筋水泥材質。此外，現已緊急封鎖災損區域，啟動清淤與修復工程，並號召工作人員、志工、進香團協力協助整理修復，「願五府千歲庇佑大家風雨平安、重建順利，我們會全力以赴，早日恢復南鯤鯓代天府原貌」。
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