據《鏡週刊》報導，該名離職員工指控李懷瑾，因無法理解組織訂定的專業評核標準，改以個人價值觀來評斷員工考績，她還在績效考核中，刻意挑剔與貶低某位員工的貢獻，導致最終自請資遣。
此外，離職員工爆料李懷瑾頻繁遲到早退，還多次拿公費進行高額餐敘與送禮，並自己簽准核銷，涉及公私不分，且未經內部討論即挪用預算出國，也未繳交考察報告。離職員工更批評她透過主管與評審身分，讓特定團隊在多項計畫中獲取資源。
該名離職員工認為文化內容策進院（文策院）內部有管理失當、霸凌文化與權力濫用等問題，要求院方調查，但相關程序未獲妥善處理，而針對爆料，李懷瑾和文策院目前都未做出回應。
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