物理科考題設計新穎，題目結合了2024年諾貝爾物理獎得主研究的人工智慧與腦神經網絡，還有1963年諾貝爾生理醫學獎的神經細胞膜傳訊機制，測驗考生對基礎科學知識與閱讀理解的掌握度。此外，命題也涵蓋必修課程與國中基礎概念，整體難度屬於中偏難，強調科學探究與跨領域整合。
化學科則著重在混合題型與素養題型的設計，難度較去年略為簡單，預估考生成績可能上升。考題內容與生活緊密結合，如光觸媒應用、啤酒的苦度單位（IBU），同時也結合物理概念，出現跨科命題。例如，關於奈米光觸媒的題目不僅要求化學知識，還涉及數據分析與圖表判讀，展現化學探究與實作精神。
生物科考題難度比去年提升，跨科整合題數增加。例如，與地球科學結合的題目涉及聖嬰、反聖嬰現象與海洋生態，符合SDGs永續發展目標。此外，生物科還融入2024年諾貝爾生醫獎相關內容，題型設計強調高階思考與資料判讀能力，考生需要透過圖表分析來回答問題，整體而言挑戰性十足。
地球科學科則結合時事與防災議題，像是康芮颱風的路徑與預測進入考題，還有聖嬰現象對葉綠素濃度的影響等，突顯自然環境與人類活動的連結。考題還設計了情境化命題，讓考生從真實場景中分析颱風可能帶來的影響，考驗學生的判斷力與探究能力，整體難度與去年相當。
全教總評價，今年自然科考題緊扣時事、跨科整合，從比特幣、康芮颱風到諾貝爾獎的科學突破，題型多元、內容豐富。然而，不少考生反映題目內容繁瑣，需要花費大量時間閱讀和理解，導致來不及檢查答案。整體而言，今年自然科考題充分展現素養導向命題精神，考驗學生的多面向思考與應用能力。
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