疾管署先前召開專家會議，宣布停用「為防治嚴重特殊傳染性肺炎，進入醫療(事)機構、老人福利機構應佩戴口罩」公告，因此原本劃分「應該配戴口罩場所」的醫療、醫事、老人福利等機構將自5月19日改為「建議配戴口罩場所」，民眾也可自行評估是否配戴口罩。
不過疾管署表示，醫療照護機構的環境包含多種微生物，而且病人、住民多為慢性疾病或免疫力低下等高風險族群，一旦感染呼吸道傳染病，容易導致嚴重併發症或死亡，因此為了防範呼吸道疾病於機構內傳播，後天起除調整民眾進入醫療照護機構配合佩戴口罩建議，同時製作「防範呼吸道傳染病，民眾進入醫療照護機構佩戴口罩須知」，提供民眾、醫療照護機構使用。
疾管署說明，民眾在醫療照護機構建議佩戴口罩的情境包括
一、疑似或已感染流感、新冠肺炎等呼吸道傳染病，或是出現發燒以及流鼻水、咳嗽、打噴嚏等呼吸道症狀，如有必要進入醫療照護機構，請於有症狀期間以及症狀緩解後5日內佩戴口罩，並且遵循呼吸道衛生與咳嗽禮節及落實手部衛生。
二、過去一週內曾與感染呼吸道傳染病患者有密切接觸，進入醫療照護機構佩戴口罩，並且遵循呼吸道衛生與咳嗽禮節以及落實手部衛生。
三、本身為移植或血液腫瘤等免疫力低下病人或有其他流感、新冠肺炎重症高風險者，進入醫療照護機構佩戴口罩並且落實手部衛生。
四、探視、照護疑似或已感染呼吸道傳染病患者，佩戴口罩並且落實手部衛生。
五、醫療照護機構根據社區疫情以及機構內傳播風險評估，規範佩戴口罩的管理措施，應依醫療照護機構規定佩戴口罩。
六、國家防疫政策或主管機關規定，醫療照護機構應佩戴口罩的管理措施，應依政策規定佩戴口罩。
疾管署提醒，呼吸道傳染病感染者在症狀不明顯或生病之前即有傳染力，因此進入醫療照護機構佩戴口罩遮蓋口鼻，可以防止呼吸道分泌物散播，2歲以下嬰幼兒或因身體、心理等因素未能佩戴口罩之民眾，可於咳嗽或打噴嚏期間，使用衛生紙遮掩口鼻，並且執行手部衛生，降低傳播風險。
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