本土新冠第五波疫情正處高原期，根據疾管署統計，1/23-1/29新增546例COVID-19本土確定病例(併發症)，雖然較前一週(1/16-1/22)新增615例下降，不過新增64例死亡病例，創下近5個月新高。
流感疫情同樣在高原期，疾管署表示，今(2024)年第4週(1/21-1/27)門急診類流感就診人次為114,754人次，高於過去三年同期，且為十年同期第三高，須持續觀察寒流後疫情變化趨勢；多項監測系統顯示近期流感病毒、新冠病毒及腺病毒等多種呼吸道病原體持續於社區活動，其中流感病毒以A型H3N2為主。
「免疫負債」意思是過去3年新冠疫情期間，因為戴口罩、勤洗手和保持社交距離的措施，讓流感等其他病毒傳播機會大幅降低，民眾對其他病毒的抵抗力不足，隨著防疫措施鬆綁，多數場所不再強制戴口罩，讓許多病毒又開始流行。
「預期2024年仍是多種病毒同時流行的一年」，林口長庚副院長邱政洵表示，原本預估免疫負債大概一年就會趨緩，但現在看來多種病毒同時流行的狀況仍看不到盡頭，現在主要是新冠病毒、流感、腺病毒，偶爾副流感，加上冬春季節有利於病毒傳播，看看夏天能否真的緩下來。
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邱政洵說，免疫負債仍未趨緩原因一是新冠病毒持續變異，目前JN.1變異株成為主流，呼籲XBB疫苗該打就打，其次，新冠病毒感染後改變免疫系統，導致容易被其他病毒或細菌侵入，第三，社區對其他病毒(新冠以外)的群體免疫還沒達到飽和度，種種原因恐怕免疫負債得加倍奉還。
邱政洵指出，多病毒流行時可能混和感染加重病情，新冠加流感或腺病毒，流感加腺病毒、肺炎鏈球菌或黴漿菌，各種排列組合都有可能，混和感染的病人容易嚴重肺炎，高齡且有共病、免疫低下者要特別小心。
疾病管制署最新統計，新冠XBB疫苗從2023年9月底開打迄今已累計接種158.4萬人次。台大小兒感染科醫師、台灣病毒暨疫苗學會理事長黃立民直言，目前XBB疫苗接種率只達到6%左右，目標是10%，實在是太低了。
黃立民表示，事實上新冠肺炎疫情比較嚴重，絕對不要以為流感比較嚴重，流感已經流行7、8個月，2月底之後就會慢慢下降，相反地，新冠病毒持續變異逃脫，所以會一直流行帶來威脅。流感疫苗一年只能打一次，現在能夠補強的還是新冠疫苗，如果最近6個月內沒有打過XBB疫苗，建議接種。
新冠病毒會改變免疫系統，又被稱為「免疫竊取」，小兒科醫師、中華民國基層醫療協會常務理事詹前俊指出，近來許多病人抱怨確診新冠肺炎過後，喘咳很厲害、咳很久，進一步檢查發現六到七成有氣喘情形，可能以前就有過敏體質但沒那麼顯性，確診過後體質改變誘發過敏體質，病人不清楚就一直當作長新冠，所幸針對氣喘對症下藥後症狀明顯改善。
新冠疫情也改變了很多疾病的流行週期，邱政洵指出，新冠疫情之前，黴漿菌每隔3-4年會大流行一次，像是前陣子黴漿菌在中國大流行，疫情嚴重，原本擔心台灣也會大流行，但根據觀察，因為國人開始警覺，口罩戴得好，加上黴漿菌是細菌，傳播力不如病毒強，台灣黴漿菌疫情沒有明顯增加。
近期國內疫情已轉以JN.1為主流新冠病毒株，根據疾管署近四週變異株監測總計，本土檢出病毒株以JN.1 (52%)為多，其次為EG.5 (35%)及XBB.1.5 (7%)等；境外檢出病毒株以JN.1 (78%)為多，其次為EG.5 (13%)及BA.2.86 (7%)等。
根據美國疾管局(CDC)2月1日發表最新研究指出，18歲以上成人接種新冠XBB疫苗可有效提升對抗JN.1之免疫保護力，對JN.1輕症保護效益可達五成(49%)。
因農曆春節將近，人群聚集及移動頻率增加，病毒傳播風險仍高，而且自新冠XBB疫苗開打以來，本土通報確診併發症及死亡病例中未曾接種新冠XBB疫苗者分別占98%及99%。因此，疾管署提醒，尚未接種新冠XBB疫苗的民眾，儘速於春節前完成接種，強化對抗新冠JN.1保護力。
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