今年公費流感提供四家廠牌，分別為國光、賽諾菲、東洋和首度加入的高端，不過因家長有疑慮，台北市長蔣萬安日前宣布高端流感疫苗不進入校園，引起中央和北市府口水戰。蔣萬安不客氣回嗆王必勝的「同溫層說」，呼籲「中央應傾聽民意，到基層走一走就會聽到基層民眾和家長的憂心和疑慮，這不是和同溫層站在一起，這是和基層站在一起。」
薛瑞元今日出席立法院社會福利及衛生環境委員會進行專題報告並備質詢，會前受訪指出，根據疾管署統計，截至目前，台北市在四個公費流感疫苗接種對象，包括65歲以上、學齡前兒童、學生、醫護人員等，施打率都相對落後，北市府與其花時間爭辯，不如趕緊把疫苗分配出去，趕快施打完畢。
薛瑞元強調，推薦或不推薦哪一種廠牌的疫苗，這不是我們的目的，所有提供給民眾接種的疫苗都是安全有效的疫苗，不希望特別操作造成民眾施打疫苗進度落後，以至於流感疫情來臨時，民眾缺乏足夠保護。
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