2018年馬偕醫院時任總院長施壽全考量年齡因素而卸任，該年9月20日，馬偕醫院董事會經過3輪投票，選出張文瀚擔任新任總院長、沒想到隔月，長老教會總會召開臨時會，以張文瀚與前董事長劉伯恩的爭議有關，否決張文瀚的人事案。
當時張文瀚為了自清，除了向法院提起民事訴訟，更以「寧願燒盡～不願銹壞～」為題，向馬偕、長老教會發出聲明。不過最後仍由一般外科資深主治醫師劉建良接任第20屆馬偕醫院總院長。
馬偕紀念醫院今日上午舉行第21任總院院長授職暨就任感恩禮拜。新任總院長張文瀚在馬偕醫院董事長蕭聰穎牧師監交下，自前總院長劉建良手中接下印信，誓言以最大的努力與謙卑的態度，接續帶領馬偕醫療體系迎接嶄新時代的重責大任，任期自2023年5月31日至2027年5月30日止。
張文瀚為急診醫學部資深主治醫師，堅守急診醫療第一線長達30年，曾擔任急診醫學部主任、總院副院長，致力於提升緊急醫療、積極引進尖端技術、發展生物科技應用、開展智慧醫療領域，同時強化教學品質及培育急救醫學專業人才。
馬偕醫院董事周恬弘長老介紹，張文瀚成長於台南教師家庭，夫人是台安醫院的復健科醫師，兩人攜手30多年鶼鰈情深，兩個孩子看到父母的好榜樣，自高中起便自願選擇醫學作為職志，目前都已經在臨床服務或見習。
張文瀚除了醫療臨床服務，也在三間大專院校兼任教授，周恬弘指出，張文瀚已發表180篇左右的研究論文，2022年9月史丹佛大學公布「全球前2%頂尖科學家」，他與其他5位馬偕院校同仁一起入榜。張文瀚取得的發明專利包含「可移動式隔離設備」、「生物感染應變系統」、「用以偵測血氧濃度或腦血腫之裝置及方法」。
張文瀚於2017年在院內成立精準醫療中心，啟動醫院生技發展的新領域，並將智能科技運用於臨床和醫院管理，包括醫材與高貴儀器的偵測管理，提高妥善率與使用率，帶動馬偕醫院在內外環境變動的新機會與挑戰中不斷地往前進步。
張文瀚在就任演說表示，未來他將以僕人精神，面對醫療環境與社會的丕變，用創新的思維結合新科技，提升自我優勢競爭力，持續為病人提供適切需求的醫療。他也提出醫院幸福公式，總幸福指數是在先天優良遺傳本質、後天塑造安全可愛的環境、願意服侍心理素質等三項加總而來的整體表現
張文瀚形容：「人生最重要的事情不是你所得到的，而是你所給予的」，要將醫院視為一個幸福的大家庭，才能彼此愛護、互相包容、相互成就，如此才能真心關懷病人。
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