國民黨立院黨團指控，高端疫苗日前宣布，與韓國 GC Pharma 合作的四價流感疫苗通過食藥署藥品查驗登記，將搶佔國內每年高達600萬劑的公費流感疫苗市場，質疑高端流感疫苗通過查驗的過程疑點重重，蔡政府為了拯救營收歸零的高端，而大開後門。
立法委員王鴻薇解釋，依照藥品查驗登記審查準則，疫苗類藥品要免除國內臨床試驗，必須要符合原產國已上市、且具有十大醫藥先進國採用證明。王鴻薇質疑，因韓國都不在十大醫藥先進國裡，高端原本規劃進口韓國的「成品疫苗」，後來改成「進口原液」填充，都必須完成臨床試驗，但至今過程不明。
依據衛福部提供給王鴻薇辦公室的回函，目前流感疫苗採購已循例詢問持有食藥署核發的四價流感疫苗查驗登記許可函廠商參標意頭及供貨情況，包括國光、賽諾菲股份有限公司、荷商葛蘭素史克、台灣東洋、高端疫苗生物製劑股份有限公司等5家，正規劃採購案，預計於4月上旬進行招標作業。
對於相關爭議，薛瑞元表示，台灣是法治國家，一切依法行政，如果高端符合相關規定，只能予以通過，而流感疫苗採購目前還在規劃中，沒有確定的數字，但只要廠商符合資格，就可以參與議價。
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