監察院於2月22日通過監察委員林郁容、王麗珍、蘇麗瓊、蕭自佑所提調查報告，要求行政院督促衛生福利部對於新冠肺炎疫苗的整備與採購決策及作業程序未臻周妥之處，進行檢討改善。4名監察委員表示，為究明實情，調查過程諮詢國內專家學者及約詢時任衛福部部長陳時中、疾管署長周志浩及食藥署署長吳秀梅等人後提出調查報告。
監察院要求行政院督促衛生福利部對於新冠肺炎疫苗的整備與採購決策及作業程序未臻周妥之處，進行檢討改善，然對高端疫苗採購篇幅極低，且未提及近200萬劑高端疫苗遭報廢，僅提到高端至今未取得三期臨床實驗結果等，被形容是「放衛福部一馬」。
薛瑞元今（3/2）赴立法院社福及衛環委員會備詢，會前有媒體詢問此事時回應，監察院報告內容還沒接到，所以詳細內容還不太清楚；至於目前三期實驗結果，薛瑞元則回應，高端三期實驗由世界衛生組織（WHO）資助，WHO目前還沒公佈結果。
現場媒體追問，監察委員也指出，疫苗採購部分，對民眾疑慮事項善加說明澄清，並檢討目前將相關簽稿文書之機密等級設定「密」等之必要性，適當開放予各界檢視。
薛瑞元回應，合約約定保密期限，時間到才解密，有5年、7年、10年不等；另公文處理流程部分，設定30年保存、密件傳遞，這部分接到監察院監察報告後，會檢視提出的建議內容、適度來檢討過去疫苗採購相關文件保存是否還需要，有哪些不涉及到合約保密協定、是否適宜解開密件的方式保存會做檢討。
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