簡訊實聯制實施期間（2021年5月至2022年5月）累積發送約47.8億則簡訊，然而審計部於2022年5月查核發現，NCC於查訪電信業者辦理簡訊實聯制資料刪除過程，未檢核原始檔案、備份伺服器及電子郵件等資料貯存點，且部分防疫機關透過非公務環境登入疫調輔助平台，致相關個資檔案散落於非公務電腦或行動裝置，或於實聯制措施退場後仍持續下載運用。
另前行政院資通安全處等機關未依規定執行外部稽核，確認各機關下載實聯制個資均已刪除或銷毀，均存有個資洩漏或不當使用等風險，審計部遂於2022年6月函請行政院督促權責機關研謀改善。
NCC副主委暨發言人翁柏宗表示，有點誤會了，簡訊實聯制為指揮中心委託本會代為採購，資料庫的保存委由電信業者代為保管，本會都有依照指揮中心指示去，110年7、10、12月，111年3、5月共5次去了5大電信業者機房檢查，都有按照相關規定做刪除。
簡訊實聯制資料庫由NCC按照契約規定，自動化機制刪除28天1922簡訊資料，NCC也都有去檢查；而關於審計部所指，他也說明，「疫調平台」由各地方政府疫調人員調取而留在自己的手機、電腦中，這部分不是NCC觸及的，是由疾管署執掌。
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