衛福部前部長陳時中競選台北市長期間，薛瑞元多次站台開講助選，投票前一周提及陳仇恨值高，是因擋了疫苗掮客幾十億元財路，結果民進黨在九合一選舉慘敗，薛也被點名是戰犯，是壓垮陳時中選情的最後一根稻草。
去年九合一選舉前，國民黨和網軍窮追猛打高端疫苗採購過程爭議，薛瑞元形容攻擊手法很討厭，「就像被頭蝨咬到」，行政機關應該接受監督，不過重複問題一直問，給了答案還是覺得不夠，消耗公務人員處理正常事務的時間。
而立法院國民黨團痛批食藥署專家審查高端疫苗保護效益，竟有疾病管制署充當槍手、幫忙交作業補考，書記長李德維代表黨團赴台北地檢署，告發薛瑞元、疾管署署長周志浩涉嫌違反貪污治罪條例、公務員圖利罪等。
薛瑞元具備醫師、律師雙執照，當時強硬回擊「我不是可以任人欺負的公務員，就跟他梭哈，無論將來我是否離開公職，無論李德維未來是否為立法委員，我跟他拚了，我們2個一定有一人會被抓去關」。
此外，鴻海創辦人郭台銘先前為母親打不到BNT次世代疫苗槓上政府，質疑政府不採購BNT次世代疫苗，讓民眾必須承擔混打疫苗風險。薛瑞元對於要政府採購特定品牌，回應「聽起來像是BNT推銷員」，結果惹毛郭董回以「廟堂之上，朽木為官；殿陛之間，禽獸食祿」等重話。
行政院長蘇貞昌後雖出面緩頰，評論2人各有對錯，郭台銘熱心積極，薛瑞元也不是那意思，但跟推銷員一起講，容易被人家連在一起，怪不得郭跳起來，「政務官這樣子講法，我特別要表示道歉」，但話鋒一轉也說郭不應罵薛是朽木、禽獸，這不是好的對應方式。
薛瑞元對於個人去留向來抱持淡然態度，選後被點名是戰犯，他說，「若必須要負責某種政治上的責任，我也不迴避」，而對於內閣改組問題，也曾強調「我個人的去留不重要，把握當下，好好做事」。
新內閣名單陸續揭曉，衛福部長未公布之前，媒體曾致電詢問薛瑞元是否可能留任，他僅一貫從容地說：「還不知道，我不清楚，我是無所謂啦，還好啦，哈哈哈哈…」。
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