指揮中心指出，上週完成116例Omicron亞型變異株確定病例基因定序，分別為22例本土個案（12例BA.5、7例BA.2.75、3例BQ.1）及94例境外移入（47例BA.5、32例BF.7、10例BA.2.75、4例BQ.1、1例BA.2）。
針對本週基因定序結果，指揮中心表示，目前本土仍以BA.5仍為本土主流病毒，佔55%，其次為BA.2.75，佔32%，BQ.1則佔14%，且目前尚未檢出造成美國疫情流行的XBB.1.5變異株，自中國入境確診旅客基因定序方面，則有39例BA.5、30例BF.7。
此外，指揮中心指出，境外移入個案基因定序結果中，本週未驗出XBB變異株，BA.2.75佔比自上週的30%增加至本週的40%，BA.5佔比則自上週的30%提高為本週的32%，BF.7佔比也自上週的3%略微提升為本週的8%。
指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞表示，整體來看，變異株還是以BA.5為最多，BQ.1兩週前曾上升過但上週又下降，可見除了BA.5以外的變異株，還在彼此消長拉鋸，沒有說哪一個就一定居於主流佔上風，所以還是主要看春節過後的變化趨勢，且初三診所開診、春節連假後一週都是觀察關鍵時期。
針對本土個案基因定序結果，指揮中心指出，新增12例BA.5本土個案，占上週所有已定序之22例約54.5%，為6名男性、6名女性，年齡介於20多歲至80多歲，分布為北部6例、中部2例、南部3例、東部1例，確診日介於去(2022)年12月31日至今(2023)年1月12日。
境外移入個案定序方面，指揮中心表示，針對國內境外移入之94例個案，為72例男性、22例女性，年齡介於未滿5歲至70多歲，入境日介於今年1月3日至1月11日。其中檢出47例BA.5個案分別自中國(39例)，日本(5例)，南韓、泰國及韓國(各1例)移入；32例BF.7個案分別自中國(30例)，日本(2例)移入；10例BA2.75個案分別自越南(5例)，日本(3例)，泰國及馬來西亞(各1例)移入；4例BQ.1個案分別自日本(3例)，美國(1例)移入；1例BA.2自菲律賓移入。
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