日本放送協會（NHK）報導，日本調查飛機事故原因的國家運輸安全委員會1月3日向羽田機場派遣了6名事故調查官，從早上就開始正式進行調查，接下來將聽取雙方機長的說法，調查當時的情況和事故原因。
初步調查指出，國土交通部一位官員透露，塔台人員表示事發前，向飛抵機場的日航客機下達「允許進入跑道」的指示，以利其著陸。同時，向海上保安廳下達指示，要求飛機滑行到跑道前。
然而，現在卻傳出，海上保安廳相關人士透露，海上保安廳飛機機長在事故發生後表示當時「得到了起飛許可」。
顯然塔台與海保機出現分歧。根據TBS電視台指出，塔台人員向海上保安廳飛機下達的指令是駛向跑道前，但沒有下達進入跑道內的許可。
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調查事故原因的的國家運輸安全委員會成員藤原琢也在採受媒體採訪時表示，已從海上保安廳飛機上取回俗稱黑盒子（Black box）的飛行記錄器和座艙通話紀錄，他說：「將帶回辦公室，看看能不能讀取裏面的數據」。
預料將可以為事發前的通聯對話解答。
這起事故造成海上保安廳飛機的機上5人罹難，僅機長重傷生還。日航機上379人全數安全撤離。
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