水利署表示，港口溪為屏東縣政府主管之縣管河川，流經墾丁國家公園範圍。該地區考量其生態敏感與景觀價值，長期採取順應自然之治理，以低度干預為原則，未採傳統工程化整治方式，避免破壞當地自然地形與生態系。相關水文變化與積淹水情形，已由地方政府依災害應變機制辦理處置。
至於牡丹水庫排水部分，經查，水庫因應降雨所致水位上升，已於7月5日晚間9時啟動調節性放流作業。牡丹水庫排放水流入四重溪流域，與滿州港口溪流域並無匯流或直接關聯，媒體報導若將兩者相提並論，恐生誤解，特此澄清。
水利署提醒，面對極端氣候增加帶來的局部強降雨風險，署內及所屬單位將持續與地方政府保持密切聯繫，強化監測與預警作業，並就水庫調節、河川疏濬與排水改善等工作審慎規劃執行，確保整體防洪安全。
根據水利署公布資料顯示，截至6日下午3點40分，放水中水庫包括：寶山第二水庫、鯉魚潭水庫、集集攔河堰、湖山水庫、白河水庫、德元埤水庫、鹽水埤水庫、阿公店水庫、牡丹水庫。
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