至於外界有疑問認為ECFA與WTO不同機制，經濟部說明，兩岸ECFA也是本著WTO原則所訂的合作機制，並且也有通知WTO，並沒有不同機制的問題。我國WTO代表團也有在100年5月6日致函WTO秘書處，就ECFA向WTO進行早期通知，說明ECFA已於99年6月29日簽署、同年9月12日生效。
經濟部表示，我方向來主張兩岸經貿維持現狀對雙方都有利，但全球目前都高度關注經濟脅迫議題，以剛結束的台美EPPD對話為例，台灣也跟國際友盟國家，共同就經濟脅迫議題等共同關切議題進行深度討論，並就未來合作及加強資訊共享等面向廣泛交換意見，為移轉與降低風險做好準備。
經濟部再次強調，為因應對岸非經濟性的政治風險，已與自行車、工具機及機械、手工具、螺絲扣件、鑄造業、紡織、塑膠及橡膠等產業密切溝通座談，提供各項問題協助，並備妥相關政策工具，以確保相關業者權益。
經濟部強調，兩岸均為WTO的成員，雙方貿易爭議問題應在WTO架構下協商，不應單方面自行認定貿易爭端。
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