《零日攻擊》先後獲得文化部匯聚台流文化黑潮計畫補助7131萬新台幣、國發基金投資4170萬新台幣，在製作階段就獲得極高關注，不過開播之後，劇中敘事卻多次遭到抨擊。
近期劇情演到鄭成功上身到一名乩童上，並說自己當初來到台灣，造成生靈塗炭、血流成河，向過去帶來以閩南為主、客家為次的漢人移民，殺害原住民的歷史懺悔道歉，更說自己因此無法「成魂」。
不僅如此，接下來劇中的「鄭成功」還提到，「如今兩岸烽火再起，兩敗俱傷，到時亡者會抓交替」，相關劇情再度引發爭議。
有觀眾提到，劇中事件應指1670年，明鄭對大肚王國進行壓制，引發平埔族沙轆社的抵抗，最終沙轆社幾乎被屠殺殆盡。但問題是，鄭成功在來台不久之後，於1662年就病逝，與該慘案並無關聯。
其他網友則說，「過世8年還要算鄭成功頭上...」、「納稅錢補助XX劇」、「殺原住民跟他（鄭成功）有何關聯」，甚至有人認為「這是把自己的想像硬灌在人家身上吧」、「警告原住民乖乖聽話，不然就歷史重演」。
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