民間研究團體IORG公布報告指出，去（113）年在中共官方支持下的兩岸宗教交流至少舉辦116場活動，約40間臺灣寺廟赴中與會，其中逾半數集中於福建省，主題多為媽祖、宗族祖先及黃帝祭祀等情形，2024年有逾1萬6000台灣人赴中參加此類宗教活動。
內政部指出，宗教活動在中國政治體制下，長期被視為統戰的重要工具。近年中共以「湄洲媽祖祖廟」為核心節點，強化其作為「對台信仰原鄉」的象徵地位，藉由邀請臺灣宮廟赴陸進香、分靈、參與所謂「世界媽祖文化論壇」等活動，建立情感與宗教鏈結，塑造「回祖訪根」「血脈同源」的政治敘事。這些活動表面上是宗教與文化交流，實際上卻被包裝為統戰工程的一環，用以傳遞「兩岸同屬一中」、「兩岸一家親」、「文化同源終將統一」等政治訊息，淡化臺灣的主體意識與宗教自主性。
內政部進一步說明，依海基會統計，自2019年至今接獲14件國人因宗教信仰，在對岸受拘禁、限制人身自由之陳情案件，近年來則是幾乎每月都有，類型以一貫道最多。為協助團體掌握行程風險並保障安全，內政部已建置「赴中國交流資訊公開專區」。上線至今宗教團體共有67家、共 2,971 人次登錄，主要交流地點仍以福建省為主，團體以媽祖與宗廟類別居多。內政部建議，宗教團體若有赴中行程，應事前審慎評估必要性，並於專區完成登錄，以利政府在突發狀況時能即時提供協助與聯繫，確保人員安全。
內政部強調，政府一向尊重宗教信仰自由與民間交流，但相關活動應建立在對等、尊重與自主的基礎上，確保宗教交流回歸信仰與文化本質，不被政治目的操弄。倘涉及違反《兩岸條例》、《反滲透法》或《國家安全法》等規定，相關機關將依法查處，以維護宗教純正性與國家安全。
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