黃國昌指出，中山科學研究院不僅執行國防部各軍種的委託研究，更負責產製、維修國軍各項武器系統，每年自國防部取得之預算高達近千億台幣，可謂在我國國防自主上扮演關鍵角色。
然而他也提到，中科院以「行政法人」的型態組織，各項高額經費的採購，卻經常不受政府採購法等相關規範之管制，自成體系地辦理相關招標採購，內部控管卻一蹋糊塗，不僅滋生貪腐弊案的溫床，更可能因此洩露重要國防機密。
黃國昌踢爆，過去幾個月有內部人員拿著中科院鵬園院區智慧監控指管系統的標案機密文件，大剌剌地四處向廠商兜售要錢，行徑之乖張，令人不敢置信。更離譜的是，這還不是單一個案，背後還涉及一整串軍事採購弊案。
中科院則對此回應，院內安全系統日前發現資料複印異常，經初步調查，於8月14日移送憲指部，報請檢察官主動偵辦。相關外流資訊，屬中科院招標文件營業秘密；公開招標期間，得由具投標意願廠商申請閱覽，疑遭內部員工，提供特定對象謀利，中科院將依法嚴辦。
中科院強調，全案係內部安全機制主動發掘，刻已進入司法偵辦，所謂「國防部不知道，睜一隻眼、閉一隻眼」等內容並非事實。中科院將全力捍衛權益，力求予涉案者最嚴厲刑懲，以儆效尤。
「根本胡說八道！」黃國昌3日續指，事實上，檢舉人從今年4月起不斷向中科院檢舉，中科院持續推拖，不願處理。直到7月間檢舉人直接跑到龍園營區外想要主動提供遭外流之標案機密文件，沒想到中科院督察室卻不願收件，還要檢舉人自己打電話檢舉。
此外，黃國昌質疑，中科院「公開招標期間，得由具投標意願廠商申請閱覽，疑遭內部員工，提供特定對象謀利」，完全是避重就輕的說法。
他提到，今年8月起辦理公開招標之「鵬園院區智慧監控指管系統工程標案」，早在好幾個月前，該標案報價、設計圖等標案機密資訊早就被中科院內部人員大剌剌地四處向廠商兜售要錢，中科院擔心事端擴大，才在9月1日悄悄撤銷招標作業。「根據我所掌握的資料，中科院還有多個營區標案機密資訊遭外流兜售，請中科院嚴肅面對、別再避重就輕，一定要徹查到底！」
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