南非政府分別在去年10月及今年1月兩度致函台灣駐南非代表處要求遷離首都普利托利亞，繼今年3月南非外交部官網將台灣代表處名稱自「台北聯絡代表處」（Taipei Liaison Office）更改為「台北商務辦事處」（Taipei Commercial Office），南非如今又刪除台灣駐處資訊。
在南非外交部官網點選「國際關係」類目下「外國駐南非代表」資訊頁，發現台灣不僅被歸類在「國際組織」之下，「台北商務辦事處」欄目下，位於普利托利亞的地址等聯絡資訊都已被刪除，也未註明駐南非代表廖文哲。
南非外交部官網上，「台北商務辦事處」不僅被歸類在「國際組織」（International organisations）之下，而非「外國駐南非代表」（Foreign Representation in South Africa），資訊欄的地址也被改為約翰尼斯堡。其電郵網址也不是台灣外交部所屬的@mofa.gov.tw，而是屬於南非電信公司的@telkomsa.net。
此外，駐開普敦辦事處的相關資訊仍在南非外交部官網上，也有註明駐開普敦辦事處處長陳瑩莉。在台灣外交部官網，駐南非代表處的地址仍是位於普利托利亞，相關聯絡資訊也都不變。
林佳龍今於「2025年『世界衛生大會』推案雙部長記者會」中受訪時表示，目前台灣駐南非代表處仍正常運作，對於南非外交部官網擅改名稱、資料，外交部已與駐南非代表處交涉。
林佳龍說，去年以來，在中國的壓力下，南非政府做了很多引起批評、抗議的事，連南非執政聯盟的政府及政黨，都表達反對南非外交部的片面行動。另外，包括美國政府、國會議員及行政部門也都有表達關切。
林佳龍指出，南非外交部持續有這些小動作，當然是來自中國的壓力，外交部會持續捍衛台灣在南非代表處應有的權利 。雙方外交協議都有白紙黑字，南非不能片面違反，違反這些協議也不具效力。目前台灣及南非持續雙向溝通協商，以確保代表處正常運作為目標，台灣也會結合理念相近的國家發聲。
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