根據《鏡週刊》報導，其實柯文哲早在9月18日、也就是收押進北所半個月時，就已預判案情走向對他不利，因此庭訊期間一度脫口：「一人政黨開始，不能一人政黨結束，我一定要辭黨主席」，甚至親自指名要民眾黨立法院黨團總召黃國昌接任主席大位，以延續黨的香火與能量、讓他有利面對未來官司，但由於遭羈押禁見緣故，其請辭意願及欽點黃國昌接班等密令似乎仍無法有效傳達給黨內及支持者。
知情人士指出，柯文哲在看守所已購買掌上型電視、可關注新聞，因此除了對案情有一定掌握外，針對黃國昌等黨內同志的表現也都看在眼裡，而如今的他也不再提起由黃國昌接任黨主席一事，反而是想讓「創黨之母」蔡壁如及立委黃珊珊等人勢力得以和黃國昌分庭抗禮；殊不知，在12月7日黨代表選舉中，蔡壁如等人支持的黨代表得票卻不如預期。
事實上，柯文哲後續庭訊中不僅已不再提起「黃國昌接班令」，同時亦無要求檢察官給他簽署主席辭職書、僅談及若干黨務，顯示他要黃國昌坐黨主席大位的心意可能生變了；另一邊，柯文哲上月1日遭北院裁定延押兩個月、決定不抗告後，民眾黨則決議讓他繼續請假至明年2月28日，因此有白營人士指出，目前黨內各勢力都在等月底全案起訴、暫時先按兵不動，屆時將視其遭起訴後是繼續接押或交保再決定下一步。
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不過，隨著本案進入收尾階段，檢方考量因仍有木可內帳及收受威京集團主席沈慶京等企業賄款之關鍵帳冊未被扣案、「貼身帳房」許芷瑜（橘子）潛逃海外、共犯「大帳房」李文宗與沈慶京至今依舊三緘其口、柯文哲滅證、柯文哲拒絕答辯、柯文哲曾悍拒出庭等六大因素，後續將向法院建請繼續接押，意指他要在起訴後重獲自由恐怕難度頗高，未來可能會因《貪汙治罪條例》違背職務收賄等罪面臨十年以上至無期徒刑之刑責。
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