（一） 職權行使法第15條之4（聽取總統國情報告部分）
三讀通過條文：「立法委員於總統國情報告完畢後，得就報告不明瞭處，提出『口頭或書面問題』。『立法委員進行前項口頭提問時，總統應依序即時回答』；其發言時間、人數、順序、政黨比例等事項，由黨團協商決定。『就立法委員第一項之書面問題，總統應於七日內以書面回覆。但事項牽涉過廣者，得延長五日』。」
根據憲法第4條之3「立法院於每年集會時，『得』聽取總統國情報告。」，而立法院在憲法未有明文規定下，課予總統義務，要求其『應』即時或限期回應立法委員之口頭或書面提問，產生立院職權擴張而有違反權力分立原則之違憲疑義。若總統在此情況下至立院進行國情報告，恐怕會造成總統是否須履行本條文所課義務之憲政疑義，甚至引發朝野衝突，民主憲政運作之極重要公益將因此遭受難以回復之重大損害。
（二） 職權行使法第25條（聽取報告與質詢部分）
依據本條各項規定，立委對行政院院長及所屬各部會首長行使質詢權時，被質詢人應對立法委員履行之各種具體『法律上義務』規定，並以裁處罰鍰作為促使義務履行之強制手段，有違反憲法責任政治原則之疑慮，並有破壞憲法機關權力分立原則之疑慮，引發行政立法衝突。
（三）職權行使法第29條之1第3項、第30條第3項、第30條之1第1項及第2項（人事同意權之行使部分）
以上條文影響除總統依憲法相關規定，就司法院、考試院與監察院等憲法機關及審計長所享有之人事提名權，及總統或行政院院長就相關法律所定人事提名權之有效行使外，其規定內容亦足可牽制相關憲法機關、特定行政機關或職務之適時組成及其有效運作。且影響行使人事提名權、同意權與該人事所屬憲法機關相互間之權限關係。
（四） 職權行使法第45條、第46條之2第3項、第47條、第48條第2項及第59條之1第1項關於調查委員會與調查專案小組部分（調查權之行使部分）
有關立法院調查權行使，包括要求提供資料、調閱文件及命相關人員為證言與接受詢問等之規定，均為立法院在未有憲法明文下，於規範自身職權行使之法律中所創設。包含相關義務人依調查委員會或調查專案小組之要求，被迫履行『義務』，相關文件、資料、檔案、證言與陳述內容等所包括之重要資訊或秘密一旦被迫提供或揭露，將造成不可逆之損害。
並且根據與釋字第325、585 及 729 號等解釋，上開條文所生違憲疑義可能會進一步引發立法院與其他憲法機關間之權限與功能分配、憲法職權行使之競合等憲法權力分立與制衡之憲政爭議。
釋字第325號(擷取部分段落)：「惟憲法之五院體制並未改變，原屬於監察院職權中之彈劾、糾舉、糾正權及為行使此等職權，依憲法第九十五條、第九十六條具有之調查權，憲法增修條文亦未修改，此項調查權仍應專由監察院行使。」
釋字第585號(擷取部分段落)：「立法院調查權乃立法院行使其憲法職權所必要之輔助性權力，基於權力分立與制衡原則，立法院調查權所得調查之對象或事項，並非毫無限制。」
釋字第729號(擷取部分段落)：「檢察機關代表國家進行犯罪之偵查與追訴，基於權力分立與制衡原則，且為保障檢察機關獨立行使職權，對於偵查中之案件，立法院自不得向其調閱相關卷證。立法院向檢察機關調閱已偵查終結而不起訴處分確定或未經起訴而以其他方式結案之案件卷證，須基於目的與範圍均屬明確之特定議案，並與其行使憲法上職權有重大關聯，且非屬法律所禁止者為限。如因調閱而有妨害另案偵查之虞，檢察機關得延至該另案偵查終結後，再行提供調閱之卷證資料。」
（五） 職權行使法第59條之3第2項、第59條之5第2項、第4項、第5項及第6項（聽證會之舉行部分）
上開規定適用於「社會上有關係人員」部分，於委員會舉行聽證會時，明文課予受邀之社會上有關係人員，無正當理由不得缺席、拒絕表達意見、拒絕證言等「法律上義務」，是否逾越憲法第67條第2項規定之規範意涵，已非無疑。且上開規定對人民課予提供資料之義務，「並未設定資料範圍」、得拒絕提供資料之正當事由，及發生爭議時之紛爭解決機制等之規定，存有違憲疑義。
此外，對受邀出席人員，尤其是不具公職身分之社會人士而言，將因上開規定所課予之強行性義務，而有被迫違反自身意願出席聽證會、表達意見、提供證言與資料之極大風險，亦足以對其憲法上權利造成無可回復之重大損害。
（六） 刑法第141條之1規定部分（藐視國會罪部分）
本犯罪之構成，應係配合職權行使法第25條第2項、第 9項及第59條之5第5項規定所為刑罰規定。考量上開刑罰前提所在之規定均已暫停適用，本條刑罰規定如不暫停適用，則因任何人均得為犯罪之告發，檢察機關即應依法處理，從而被告發人將因本條規定而受犯罪追訴，致蒙受難以回復之程序性重大不利益。
