此次漢光40號演習，範圍涵蓋桃園國際機場、松山機場、馬祖南竿機場、台東豐年機場、台中機場、澎湖機場與台南機場；相關機場已分別與軍方、航空公司積極協調，降低對旅客之影響。
民航局指出，因演習影響涉及國際線、國內線與離島航班，為了讓演習順利進行，並將對旅客影響降到最低，民航局所屬各航空站除協調軍方盡量將演習時段與航班起降時段錯開，將實際影響時間降至最低，另亦已先協調公司調整航班，以避開演習時段。
民航局表示，航空公司已調整之航班，將以簡訊或於官網揭露相關航班異動訊息，各機場亦將透過電子看板、廣播等方式告知旅客，並同時於機場官網提供最新航班資訊供民眾查詢。民航局已要求各航空站與航管單位，演習期間除配合軍方操演，亦應即時掌握航班動態，做好旅客之宣導與服務。
此外，航管單位也將同時配合演習對桃園國際機場實施流量管制，航機起飛、落地時間將因此提前或延後，演習結束後空域重新開放之後續時段航班也可能因此而遞延，民航局呼籲旅客密切留意各航空站及航空公司發布之航班異動訊息，並提早因應規劃行程，可於出發前先向航空公司確認航班動態，減少於機場等候的時間。
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