邱毅指出，2019年3月21日，時任總統蔡英文的辦公室流出一份密件，針對的對象是賴清德，當中提到「有人擋路，務必清除，不計代價，不擇手段」，但當時蔡英文方面否認，並稱是駭客入侵偽造、變造的黑函。
不過他說，現在回想起來，這封被稱為黑函的密件，倒有相當的玄機，當時蔡英文是現任總統，整合各系統，密謀對付賴清德，密謀小組包括時任民進黨主席卓榮泰，行政院長蘇貞昌，新潮流大姐大陳菊，立法院黨團總召柯建銘，確實是一張天羅地網，十面埋伏擒蛟龍的態勢；最重要的是，密謀小組押陣的就是蔡英文最倚重的心腹鄭文燦。
邱毅表示，鄭文燦當時的身分是桃園市長，為什麼參加密謀小組，顯然是代表蔡英文出席，甚至還有監軍的味道，如今看來賴清德深恨鄭文燦，欲除之而後快，是有脈絡可尋，這也說明賴清德不計代價、不擇手段，務必要清除鄭文燦，就是針對四年前「蔡賴內鬥」大復仇。
他認為，「看來賴清德不會只對付鄭文燦，鄭文燦背後的人，也是他要復仇的對象！」
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