由國民黨、民眾黨團共推的《立法院職權行使法》修正案，加上部分民進黨團提出的再修正動議，28日正式三讀通過，重點如下：
總統國情報告
《立法院職權行使法》三讀修正條文第15條之4規定，立法委員於總統國情報告完畢後，得就報告不明瞭處，提出口頭或書面問題。立委進行口頭提問時，總統應「依序即時回答」；其發言時間、人數、順序、政黨比例等事項，由黨團協商決定。立委的書面問題，總統應於7日內以書面回覆。但事項牽涉過廣者，得延長5日。
反質詢&藐視國會
《立法院職權行使法》三讀修正條文第25條規定：質詢的答復，不得超過質詢範圍之外，並不得反質詢。
被質詢人除為避免國防、外交明顯立即的危害或依法應秘密的事項者並經主席同意者外，不得拒絕答復、拒絕提供資料、隱匿資訊、虛偽答復或有其他藐視國會的行為。被質詢人非經立法院會或各委員會同意，不得缺席。
違反上述規定的政府人員，由主席或質詢立法委員提議，出席立法委員5人以上連署或附議，經院會決議，移送彈劾或懲戒。
質詢人經主席依規定制止、命出席或要求答復卻仍違反者，由主席或質詢立法委員提議，出席委員5人以上連署或附議，經院會決議，處被質詢人2萬元以上20萬元以下罰鍰。逾期仍不改正者，得按次連續課處罰鍰。受處分者如有不服，得向立法院所在地的行政法院提起行政訴訟。
此外增訂《刑法》藐視國會罪，28日同步於院會三讀通過。
人事同意權
《立法院職權行使法》三讀修正條文第29條規定：立法院依《憲法》、《憲法增修條文》及法律規定行使人事同意權時，審查後提出院會以記名投票表決，而且自交付審查日起，期間不得少於一個月，且應於審查過程中舉行公聽會。被提名人的學經歷、財產、稅務、刑案紀錄表等資料，應由提名機關於提名後7日內送交立法院參考。
第30條規定：被提名人應於提出書面答復及相關資料的同時，提出結文，並應於結文內記載已據實答復，絕無匿、飾、增、減，並已提出相關資料，絕無隱匿資料或提供虛偽資料。但就特定問題的答復及資料的提出，如有行政訴訟法所定得拒絕證言的事由並提出書面釋明者，不在此限。
第30條之1規定：被提名人面對立委審查時，答復不實、隱匿資料或提供虛偽資料的罰則，例如經院會決議者，得處2萬元以上20萬元以下的罰鍰。受處分者如有不服，得向立法院所在地的行政法院提起行政訴訟。
第31條規定：同意權行使的結果，由立法院咨復總統或函復行政院長。如被提名人未獲同意，總統或行政院長應另提他人咨請或函請立法院同意。
調查權
《立法院職權行使法》三讀修正條文第45條規定：立法院得經院會決議設調查委員會，或得經委員會決議設調查專案小組，對相關議案或與立委職權相關的事項行使調查權及調閱權。調查委員會或調查專案小組得要求有關機關，就特定議案涉及事項提供參考資料，並得舉行聽證，要求有關人員出席提供證言及資料、物件。
第46之2條規定：立法院行使調查權不得逾越調查目的、事項與範圍，並應尊重其他國家機關受憲法保障獨立行使之職權，及行政首長就特定機密決定不予公開的行政特權。
此外，裁判確定前的訴訟案件、卷證，立法院也不得行使調查權；尚未確定之訴願事件，或其他依法應獨立行使職權之機關處理案件，立院也不得行使調查權。
第47條規定：調查委員會或調查專案小組為行使調查權，得要求政府機關、部隊、法人、團體或社會上有關係人員於5日內提供相關文件、資料及檔案。但相關文件、資料及檔案原本業經司法機關或監察機關先為調取時，應敘明理由，並提供複本。
第48條規定：政府機關或公務人員違反《立法院職權行使法》規定，於立法院調閱文件、資料及檔案時拒絕、拖延或隱匿不提供者，得經院會決議，移送監察院依法提出糾正、糾舉或彈劾。
法人、團體或社會上有關係人員違反《立法院職權行使法》規定，於立法院調閱文件、資料及檔案時拒絕、拖延或隱匿不提供者，得經院會決議，處1萬元以上10萬元以下罰鍰，並得按次處罰至改正為止。受處分者如有不服，得向立法院所在地的行政法院提起行政訴訟。
舉行聽證會
《立法院職權行使法》三讀修正條文第59條之1規定：各委員會、調查委員會、調查專案小組為審查院會交付的議案、全院委員會為補選副總統、彈劾總統副總統或審查行使同意權案，得依《憲法》第67條第2項規定舉行聽證會。
涉及個人隱私、個人生命、營業秘密等情形，可以部分或全部不公開，並規定秘密會議或不公開方式與會者，負有保密事項的義務。
第59條之2：聽證會須經全院委員會、各委員會、調查委員會或調查專案小組召集委員同意，或經前列委員會、專案小組全體委員1/3以上的連署或附議，並經院會議決，方得舉行。
第59條之3：聽證會得邀請政府人員及社會上有關係人員出席表達意見與證言。應邀出席人員非有正當理由，不得拒絕出席。
第59條之4：受邀出席的政府人員或與調查事件相關的社會上有關係人員於必要時，經主席同意，得由律師、相關專業人員或其他輔佐人在場協助。
第59條之5：除涉及國家安全、國防外交之國家機密，或逾越聽證會調查之目，或依行政訴訟法得拒絕證言事項，及受法律保護之個人隱私或秘密事項，出席人員不得拒絕證言。
無正當理由缺席、拒絕表達意見、拒絕證言、拒絕提供資料者，得經立法院會決議，處1萬以上10萬元以下罰鍰，並得按次處罰。
出席聽證會政府人員為虛偽陳述者，由主席或質詢委員提議，經院會決議，移送彈劾或懲戒。也得依法追訴其刑事責任；社會上有關係人員為虛偽陳述者，得經立法院院會決議，處新臺幣2萬元以上20萬元以下之罰鍰。受處分者如有不服， 得向行政法院提起行政訴訟。
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