總統健康備受國人關注，過去前總統李登輝、陳水扁和馬英九，任內都會定期公布健檢報告。2016年5月10日，馬英九在台大醫院接受總統任內最後一次公開年度健檢，當時報告顯示，時年66歲的馬英九身高178公分，體重76公斤，和同齡者相較更是健康良好。
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《壹蘋》昨接獲讀者爆料，馬英九將赴台北榮民總醫院，記者直擊北榮副院長、全國頭痛權威王署君、核子醫學部主任彭南靖、神經醫學中心主任兼失智治療及研究中心主任傅中玲等黃金陣容一字排開，在「全方位正子磁振影像中心」門口列隊迎接馬英九，就連馬英九稍後離開時，北榮院長骨科名醫陳威明也親自接送。
根據北榮官網介紹，「全方位正子磁振影像中心」臨床可應用在診療腫瘤、腦神經疾病和心血管疾病3方向，不僅可區分腫瘤良惡性，也可搜尋隱形癌症；或是評估中風位置、範圍、偵測癲癇、腦瘤、失智症病程變化；或是心血管炎症評估及追蹤；而正子核磁造影PET位階高於核磁共振MRI，對於早發性腦瘤，癲癇，甚至類蛋白酶沉澱之阿茲海默等疾病，都有良好偵測效果，所以也成為高階健檢必備的項目。
馬英九歷時3小時結束體檢，約下午3點多離開北榮。記者詢問在場的核子醫學部主任彭南靖，馬英九今天到院是做什麼檢查？他僅表示為保護病人隱私不方便透露，「就是例行性的身體檢查」。今天馬辦也證實，馬英九確實到北榮做完整性的高階健檢。
而回顧馬英九過去健檢結果，2010年曾發現輕微白內障，當時醫生就建議他外出要戴墨鏡，幫眼睛擦防曬；2014年他更為此進行白內障手術，摘除白內障並植入人工水晶體，藉此改善視力，當時臺大醫院稱，此為一日手術，不影響公務行程。
除了白內障手術外，馬英九愛慢跑眾所周知，2014年健檢發現，馬英九右膝關節有陳舊性前十字韌帶斷裂、內側和外側半月軟骨手術後有磨損跟骨關節炎，左膝也有輕度關節炎，當時骨科醫生提出游泳、滑步機等替代運動建議，並提醒馬英九「省著用」。
馬英九後來也聽進醫生的建議，自2016年卸任後，連續8年都參加萬人泳渡日月潭活動，去年更以2時48分游完全程，身體狀況相當硬朗；此外，他也時常針對時事議題發表看法，2023清明節更帶領「大九學堂」學生訪中，成為我國首位訪中的卸任總統。2024總統大選期間，馬英九更數度為了「藍白合」，出手協調國民黨總統候選人侯友宜和民眾黨總統候選人柯文哲，也一同歷經「藍白君悅會」破局現場，今年更二度訪中，與中國國家主席習近平在北京「馬習二會」。
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