柯文哲說，關於兩岸關係，一向主張五個互相，包括互相認識、互相了解、互相尊重、互相合作、互相諒解。他認為，交流比交惡好，對話比對抗好，一家親比一家仇好。不過他也直言，兩岸畢竟隔閡已久，所以有相同的歷史、語言、宗教、文化，但在現階段政治跟生活方式不同，在這些前提下，有人願意兩岸交流，不管是官方或民間，他們當然是表示支持。
柯文哲主張臺灣自主、兩岸和平，在維持臺灣民主自由、政治制度跟生活方式下，可跟大陸進行交流，也希望大陸可以瞭解，現階段臺灣跟大陸還是有不一樣，怎麼去求同存異要思考。
不過柯文哲也說，馬英九去講到支持九二共識，這個清楚違反臺灣主流。此外，「九二共識在臺灣已經污名化」，主張內容物比包裝重要，堅持名詞對兩岸交流沒有甚麼改善，馬願意做交流緩和兩岸情勢，他還是支持，但講的話不何台灣主流民意，對馬沒有實質幫助跟加分。
至於中國若邀請他是否會願意去？柯文哲則直呼奇怪，媒體寫對方邀他去，但他從來沒接到任何消息。
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