馬英九過去曾在2009年清明節前夕，親自主持中樞遙祭黃帝陵儀式，率領百官齊聚台北忠烈祠遙祭黃帝，一改過去由內政部長代表總統主祭的習慣，當時包括時任行政院長劉兆玄等五院院長和重要官員皆到場。
馬英九今參加清明軒轅黃帝公祭典禮，致詞時表示，黃帝軒轅氏是中華民族共同的始祖，他過去在臺灣曾經六度遙祭黃帝，今天能帶著臺灣青年學子到陝西來親自祭祀黃帝陵，個人深感意義重大。
馬英九說，1912年3月，孫中山親自撰寫「中華開國五千年，神州軒轅自古傳，創造指南車，平定蚩尤亂，世界文明，唯有我先」的著名祭文，並派出代表團祭祀黃帝。1937年清明節，中國國民黨與中國共產黨一起在黃帝陵，舉行共祭中華民族始祖軒轅黃帝儀式，這些都是重要的象徵，代表無論是何黨派，都共奉黃帝做為我中華民族炎黃子孫共同的始祖。
馬英九強調，大部分的臺灣人對中華文化與民族認同，都有極其堅定的信念。即使過去臺灣曾被日本殖民統治五十年，仍堅持身為黃帝子孫，保有臺灣人民族的主體性和尊嚴。七十年前，也就是臺灣光復的第二年，臺灣各界耆老林獻堂、丘念台、李建興等組團到大陸祭祖，特別到黃帝陵秉告祖先臺灣已經從日本手中光復。這是臺灣人在日本統治50年後回歸中華民族重要的象徵行動，令人感動懷念。
馬英九認為，慎終追遠、飲水思源，是中華民族建立數千年優良傳統的重要根源。更重要的是，『慎終追遠』、『源遠流長』，既是中華文化的核心價值，也是臺灣人民美德的一部分。他這次親自來到這裡，就是希望藉此表達臺灣人對傳統中華文化尊宗敬祖的重視，也讓更多人了解民族文化傳承的重要性。
馬英九最後表示，藥用當年在臺灣遙祭黃帝的祭文：「和平兩岸，雙贏共榮；同胞一體，允執厥中。」作為此次親祭軒轅黃帝陵的註腳，他也希望來自臺灣的年輕人，透過這次難得的機會，要更加牢記中華文化與中華民族的根源，以及身為炎黃子孫的驕傲。
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