馬文君今在踏入立法院外交及國防委員會前，被問到民進黨的批評，她表示，黃曙光也涉嫌洩密、同樣是被告，那黃曙光應該先辭潛艦國造召集人；對於民進黨團質疑被告變法官，她也回嗆那是民進黨發言人吳崢跟跟民嘴李正皓告的，隨後就步入委員會。
機密會議結束後，擔任主席的馬文君則罕見開口解釋，稱今天國安局的業務報告有些不同，過去都是機密報告，因為之前有立委王定宇、前立委蔡適應提案，希望國安局在可公開部分應公開報告，讓國人知道相關訊息，這次為了很多依法行政、還有民眾關心的，或是認為她在主持秘密會議的時候會造成什麼樣的影響，要請局長說明，她在秘密會議中有沒有什麼危害或影響會議進行的行為。
蔡明彥隨後說，馬文君針對她的職權行使邀請進行業務報告、機密會議，國安局配合辦理，尊重安排。
馬文君隨後表示，她希望有問題的時候都希望現場講出來，不要經過很多年才放話，隨後她開始進行質詢。
不過馬文君似乎滿腹委屈，質詢一開始仍持續提到機密會議的事情，稱去年底因為機密會議的一些方式，比如說要不要簽屬保密協定，雖然那時沒有規定，委員會也是共識決，但在國家法律裡面已規範公職、民代，都有規範應該遵守法令，但立委認為應該要對民代限制更多，對於被監督的行政單位甚至提出要簽屬文件，「我們也配合，即使共識要有一定的服裝，白上衣黑長褲我們也配合。」
馬文君接著又說，剛剛機密會議也開，若有嚴重違失，希望當場指出來，接著秀出綠委王定宇在2019年3月28日的臉書，稱之前在政論、或是周刊也好，都繪聲繪影說她進進出出，拿手機但因要放外面，所以放二哥大，「本席從沒拿過二哥大」，既然大家會有這樣的疑慮，現在有共識就按照共識來，尤其國安單位應該在這部分會遵守的更嚴謹。
馬文君質詢完後，隨即離開外交國防委員會，不過記者詢問她本人，她則說因為要接待外賓，要趕到院長室，之後會再回來擔任主席。
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