矽谷中小學2002年接受鄭姓地主70筆土地捐贈，其中4筆為禁止開發的國土保安用地，另66筆為交通用地，前述70筆土地皆坐落在新竹華城開發計畫範圍內。
2003年新竹市府審核認定受贈人（矽谷中小學）免課徵土地增值稅，接續6年（2004～2009）管制檢查也維持前述認定；但2010年在受贈土地未有重大使用變化情況下，新竹市府改認定「未按捐贈目的使用」，並向校方補徵1億7711萬餘元的土增稅與2倍罰鍰3億5423萬，合計5億3135萬2962元。
監委高涌誠指出，矽谷中小學善意信賴新竹市政府免稅行政處分，接受土地贈與移轉，行政機關之後檢查認定卻自相矛盾，標準前後不一，做出的鉅額補稅裁罰讓學校無力負擔，最終遭法拍、被迫關閉，有違行政程序法的「誠實信用」及「信賴保護」原則，嚴重斲傷政府形象與人民信任。
監委進一步舉出，新竹市府對學校開罰理由有許多瑕疵，例如校方依「非都市土地開發審議作業規範」未開發4塊國土保安地，新竹市府卻因樹木叢生、閒置未用（未開發為戶外教學區）之由認定違規；此外，66筆具公眾使用性質的交通用地，新竹市府卻指校方將用地供不特定人士通行使用、道路旁有人行步道、劃設停車格等情況違規，進行開罰。
矽谷中小學曾提出確認贈與無效之訴訟，新竹地方法院判決認定贈與無效，亦即70筆土地所有權回歸給鄭姓地主。不過，坐落華城開發計畫範疇內的4塊不得開發的國土保安地，新竹市府估價卻把它跟高價值的「建築用地」劃為同一地價區段，每年核定應納地價稅額都超過百萬元，2010年至2022年合計應納超過5千萬地價稅。
監委表示，這不僅有悖地價調查估計規則與新竹市實施地價調查估計作業規定，更肇致民眾承受不合理之稅捐負擔，嚴重損及人民財產權益，明顯有「裁量濫用」缺失。針對前述調查結果，監察院將糾正新竹市政府，並函請農委會、財政部檢討改進。
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