立法院近期三讀通過《行政院組織法》修正案，國民黨團批評蔡政府任期只剩一年，匆促組改創造更多政治酬庸職位，政府三級機關首長不再是用人唯才，而是用人唯黨，政治凌駕專業，衝擊文官體制，吃相難看。
人事總處表示，改組是歷經長達10餘年溝通過程，因應當前國家發展需要及新環境議題挑戰所提出來的，並非急就章；完成立法後，僅10個行政院三級機關首長增加得以「政務任用」，占整體三級機關比率7%，此為應部分機關業務特殊需要及擴大人才遴選範圍所為制度化設計，絕非為了政治酬庸。
針對三級機關首長雙軌制，人事總處說明，中央行政機關組織基準法2004 年立法制定時，第 18 條已明定三級機關首長除性質特殊且法律有規定得列政務職務外，其餘應為「常務職務」；條文歷經2010年修法、2012年組改啟動，乃至本次組改，無論由哪一政黨執政，均沒有改變，且三級機關首長的任用方式，仍須訂於各該機關組織法律中，獲得立法委員多數共識做成決定。
人事總處指，考量產業發展，從企業界或學術界遴選專業人才，以強化政府施政能力，本次組改乃規劃將交通部觀光署、經濟部產業發展署、能源署、中小及新創企業署等4機關首長得為雙軌任用。
人事總處說，以目前已經通過的7個得以雙軌任用的三級機關來看，僅有內政部空勤總隊、海委會海保署及國防部全動署3個機關首長為政務人員，顯示政務任用只是選項之一，如係為應業務需要以政務進用，首長須隨政策成敗而決定去留；如有違失行為，亦得隨時予以免職，並無所稱分官酬庸問題。
本次組改，經濟部國際貿易局改為國際貿易署、能源局改制為能源署，人事總處解釋，主要是為強化機關業務政策規劃功能，因此依中央行政機關組織基準法體例重新定名又改制前後無論稱「署」或「局」，均同為行政院所屬三級機關。
人事總處並說明，新設經濟部商業發展署，則是考量現行經濟部商業司業務量能、組設與人力，均已達相當三級機關規模，隨商業型態推陳出新、商業服務的發展輔導需求增加，應有完整的機關組織推動各項工作，因此整併經濟部商業司及中部辦公室（公司登記業務）成立專責機關，以提升政府行政效率及效能，外界所稱藉由組改調升組織層級或大幅增設署級行政機關情形，實屬誤解。
人事總處最後指出，本次是將2012年行政院組改啟動迄今長達10餘年還未完成的組改工作告一段落，讓組改的部會組織法早日完成法制化，才能以更合理完整之組織型態以因應國家發展及政務推動，是負責任政府責無旁貸的作為，與總統任期與選舉均無關，請外界勿過度解讀。
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