對此總統府上午也緊急道歉，表示這名高層為國安會會內轄理行政工作的事務官，屬應受出境管制人員，經申請核准於1月22日出境，但因航班起飛時間為22日凌晨12時15分，這名官員提前於21日晚間10時許進行出關查驗，但因核准出境時間未到而未被放行，並因此與工作人員爭執。
總統府發言人林聿禪表示，儘管該員此行出、入境均依其申請起迄時間辦理，但因溝通不當、致生誤會，國安會除依規定處理、檢討外，並向相關單位及負責人員表達歉意。
邱顯智今天指出，上周接獲檢舉，國安會秘書處處長攜眷要搭22日凌晨0時15分的班機到馬來西亞，依國家機密保護法規定，涉及國家機密的人員出境受管制，該處長22日才能出境，但他21日晚上10點就想出關登機，查驗系統不給過，處長耍官威在機場咆哮、拍桌，跟現場五位移民署人員發生爭執。
邱顯智說，移民署最後配合提前放行，在護照預先蓋上22日的出境章，並於系統跨境限制解除後，回頭登補處長的出境資料，國安會跟移民署雙雙知法犯法，還讓班機提前起飛。
王婉諭表示，早在2017年移民署就召開會議也發函，提醒涉及國家機密人員，出境應該注意航班時間，預留查驗時間；如果不是位高權重的國安高層，有可能享受如此特殊的待遇嗎？整件事情，用16個字總結就是，知法犯法、大耍官威、偷跑出關、境管破口。
邱顯智說，國安會、移民署面對涉密人員違反《國家機密保護法》，提前出關讓管制國門的法規形同虛設，應該立即啟動內部行政調查，該懲處的就懲處；其次，為釐清真相，請移民署公布當日處長與基層同仁發生爭執之影像畫面，以昭公信。
邱顯智並呼籲監察院，主動介入調查，釐清相關人員的違失行為與應負的責任，別讓少數耍官威的高層，破壞岌岌可危的官箴，打擊第一線執法人員的士氣。
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