林耕仁2011年以論文《新竹市現況分析與未來發展建議－以治安、交通及觀光為例》取得交大高階主管管理學程碩士學位，昨天遭爆整份論文54頁，扣除參考文獻後剩51頁，其中31頁有大量複製貼上、剪剪貼貼的痕跡。林耕仁昨天也親自到陽明交大學術倫理研究誠信辦公室，遞交論文及資料，接受調查。
柯建銘說，作為政治人物，對於登記提交的資料都會謹慎再三，確認正確性，斟酌政見每一個文字，因其將出現在選舉公報，派發到每位市民家中，我們希望以至誠之心面對選民，這些資料中，也包含學歷證明。
柯建銘表示，即使選舉是選賢與能，選能力、不是選學歷，但不實的資料，確有欺瞞選民之嫌。林耕仁議員登記參選新竹市長候選人時，口口聲聲拿著學歷證明說「我不是抄的啦！」，不料沒幾天，就被爆出論文抄襲事件。
柯建銘指出，林耕仁整本陽明大論文有高達31頁，大規模文字與圖表抄襲、改寫、錯誤引用、複製貼上，他不應該逃避向市民說明的責任跟義務。
柯建銘要求陽明交大學倫會，儘速啟動學倫調查，並比照台大、中華一個月內完成調查公佈結果的效率。他表示，抄襲事件因選舉而起，也應該在選舉前結束，不論是還候選人一個公道，又或是向市民清楚交代，都至關重要；相信台大、中華做得到，陽明交大也做的到。
柯建銘進一步說，陽明交大是世界頂尖的學府，更是新竹培育人才的地方，學術聲譽不容玷污；選舉以來，林耕仁高舉學術倫理的大旗，不斷對外放話，一下說（林智堅）讓新竹人蒙羞，一下要求與抄襲事件毫無關係的沈慧虹道歉「知所進退」。
國民黨當時見獵心喜、張牙舞爪指控林智堅市長，但面對同黨候選人出現情節嚴重的抄襲行為，卻視若無睹，不敢面對、逃避向選民說明的責任，這才是真的讓新竹人「蒙羞」。
柯建銘認為，林耕仁應該自請選委會抽換資料，拿掉有疑慮的陽明交大學歷，避免欺騙選民；此外，也該對自己說過的話、做過的事負責，「過去落井下石的言論，如今都成了迴力鏢，回擊到自己身上」。
柯建銘最後呼籲林耕仁勇敢站出來，向市民說清楚、講明白，以同樣的標準審視自己及過去的發言，不要逃避，更不要雙標。
