據《鏡週刊》報導，目前對柯文哲最不利的是他6大親筆指令，從他親筆寫下的便利貼可看出，他在第一任市長任期時，京華城就在爭取容積率，不過柯當時未予放水，並要求合情、合法、合理，態度相當保守。
不過柯文哲第二任市長時期卻改變了，他先是和沈慶京在威京集團及市長室密會破冰，接著又下指令給新任副市長彭振聲，他要彭先整合都發局、法務局意見後，在市長室會議討論，這也打臉他稱京華城案沒有進市長室的說法。
另外，柯文哲在京華城比較容積率與樓地板面積之差異的陳情書上，交辦彭振聲「原則很簡單：公務員不坐牢」，檢察官認為，可以證明他明知容積有價且京華城案利益龐大，並非自稱的都不知情。
殺傷力最大的是，柯文哲在京華廣場建物完工示意圖上指示彭加速行政流程，「讓他們早日完工就可以了」，他交辦這張黃色便利貼時，是在北市府勝訴後，柯和彭才另闢途徑，讓京華城起死回生，無中生有改以細部計畫變更以取得容積獎勵，同樣獲得價值逾百億元的近120284平方公尺樓地板面積。
