2024年10月22日臺灣臺南地方檢察署偵辦台鹽綠能光電案，陳啟昱涉嫌違反中華民國《證券交易法》及《刑法》中使公務員登載不實等罪嫌，向法院聲請羈押。10月23日臺灣臺南地方法院召開羈押庭後當庭釋放。10月28日臺灣高等法院臺南分院發回更裁。原訂10月31日召開羈押庭，因颱風康芮來襲，順延至11月1日開庭審理羈押案，陳啟昱卻未出庭，11月4日4臺灣臺南地方檢察署發布通緝令。
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陳啟昱投案後，檢察官立即訊問，認被告陳啟昱涉犯違反證劵交易法第171條第1項第2、3款特別背信等罪嫌，犯嫌重大，且有逃亡、湮滅證據及勾串共犯之虞，依法當庭逮捕後，向法院聲請羈押禁見。
法界人士表示，聲押期間最忌諱失聯、逃亡，陳啟昱一下不見25天，相當符合羈押要件，法官若不准押，實在可能性微乎其微，陳啟昱應該自己心裡有數，也做好相關準備，才會出來。
專案小組強調將調查被告陳啟昱於逃亡期間之相關藏匿人犯等不法案件。據了解，檢警調調查陳啟昱人脈，確認陳啓昱失聯期間，仍躲藏最熟悉的高雄地區，最終發現專案小組已鎖定協助接濟的親近人士，才現身投案。
消息人士透露，當天陳啓昱離開法院後，便由一名女性密友開車接走，且有地方人士提供藏身處，才有辦法25天內不漏風聲。
南院表示，被告於羈押聲請書所載之犯行，有卷內相關證據及證人證述可資佐證，足認被告犯罪嫌疑重大。
南院說，被告所述對照同案被告及證人之相關證詞，供述有多處矛盾及不相同之處。再考量本案犯罪情節，牽涉公司之利益龐大，相關情節仍有待偵查時一一釐清。且被告與同案被告及相關證人間彼此相互熟識，參酌被告於本案之角色及社經地位，本案犯罪事實龐雜，相關涉案人員甚多，顯然有勾串共犯及證人或湮滅、偽造、變造證據之虞。另本案係全國矚目案件，被告竟無視法院之傳喚而故意不到庭，顯然已有逃亡之事實，至為顯然。
