檢方查出，《沃草》是由米迪公司獨資成立，目的是以網路媒體的言論力量，監督國會議員與民意代表、政府官員等政治人物，《沃草》創辦初期，因太陽花學運等社運活動，因吸引許多網友關注，成為知名的網媒。
起訴指出，林祖儀自2015年起至2018年間，25度提領或將沃草帳戶款項私自匯入其名下帳戶，累積侵占1584萬餘元，又自2018年至2020年間，未經米迪同意，以「薪資轉帳」名義匯入他所掌控的的銀行帳戶內，共侵占156萬餘元。
檢方還查出，2019年間，林祖儀假借「專案開發款、貝殼放大行銷、真世代行銷顧問」等名義並開立不實發票，將147萬餘元匯入他私下成立的空殼公司「好滴有限公司」帳戶，甚至以沃草子公司「沃草多媒體有限公司」名義，假借委託一家科技公司進行「網站開發、金流百科」專案，將142萬元款項侵吞。
檢方另查出，林祖儀與助理吳星澄於2017年間涉偽造股東會議事錄，向銀行申請貸款獲貸59萬餘元，連同沃草該帳戶內款項共62萬餘元，全都轉到自己名下帳戶；林祖儀還於2020年間，瞞著股東米迪向銀行獲貸493萬餘元，經米迪查帳露餡後，將貸款全數清償，沃草因此損失利息等7萬餘元。
此外，林祖儀還涉嫌以採購電腦及3C設備名義，動用公款購買電腦、手機贈與吳星澄。
由於林祖儀已將款項歸還《沃草》且超過侵占的金額，檢方因此依背信、業務侵占、偽造文書等罪起訴林祖儀，而吳星澄僅涉犯偽造文書罪嫌，檢方認為她沒前科又坦承犯行，並與米迪和解，為來法院審判時仍坦承不諱，將建請法院宣告緩刑。
