太魯閣出軌事件發生後，由家屬組成的「太魯閣的眼淚」向台鐵提出再次搜索之請求，並於今年2月27日、3月20日凌晨時分偕同台鐵及花蓮地檢署一同返回清水隧道內，結果竟在軌道下陸續發現許多遺骸和遺物，「因為事故當時急於搶通鐵路，不但沒有好好清查現場遺骸，也草率地將事故遺落的物品隨意堆放在隧道的角落裡。」
沒想到，經花蓮地檢署鑑識比對後，這些遺骸竟證實為當初的11名罹難者！對此，「太魯閣的眼淚」發布聲明指出，他們實在是難以用言語形容內心的錯愕與悲痛，錯愕的是，重大事故竟以如此草率的態度處理後續，另悲痛的是，想到摯愛家人的一部分就這樣被遺忘在暗無天日隧道裡將近三年。
「太魯閣的眼淚」坦言，他們為此感到相當無措，原以為家人已完整好好安葬、入土為安，「那些已蓋的棺、闔上的罈，如今該怎麼辦？」他們根本無法想像這三年，那些破碎的遺骸在隧道中，很可能仍被不斷往來的火車呼嘯而過、彷彿事故天天重演，而痛苦也再次翻湧而上。
「太魯閣的眼淚」沉痛表示，他們能明白事故救援行動相當急迫、混亂，因此呼籲：「拜託、懇請讓一切傷痛止於此」，並要求透過這次慘痛經驗，在未來當發生類似重大事故時，一定要有明確的災後處理標準作業程序（SOP），明確規範處理事項、流程、負責機關等，包括中央在做所有檢調單位、運安會等機構間橫向溝通協調要系統性地處理，「讓我們的痛不再發生，讓所有不幸的大體能完整回家，也讓家屬能完善地告別親愛的家人。」
從事故後成立以來，「太魯閣的眼淚」不斷奔走、督促、期待政府部門在鐵道安全及災後處理能更加進步，「我們雖然是台鐵公司的外部監督委員會成員，但並非安全委員會成員，我們的力量不大，但會一直努力下去，也希望社會大眾持續關注國家的鐵道安全。」
此外，「太魯閣的眼淚」指出今年403花蓮強震時，相關部門在太魯閣事故後增設的落石警示系統發揮了作用，以及時告警避免了列車出軌事故，這讓他們看見了鐵路安全的微光，「但我們不會就此打住，我們仍希望改善的幅度與進程能加速，讓每位台灣人都能真正擁有平安回家的路。再痛，我們會帶著49位天使的遺愛繼續奮戰。」
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