海巡人員當時將陳偉斌與9名船員連人帶船押返高雄興達港,陳男向警方供稱:「我知道抽砂是非法行為,大陸也禁止抽砂。」但辯稱:「還在開船,就碰到執法船了。」、「因船艙裡面還有海砂,遇到執法船,我怕被誤會,說不清楚,所以就丟掉。」
檢方起訴後,陳男向法官認罪說:「我願意依起訴事實認罪協商,希望早日讓我回家。」但後來翻供只承認「卸砂」,否認「抽砂」,辯稱被查獲的海砂,是從漳州地區出港時就已存放在船艙內,目的是「壓艙」保持船體平衡,並非在中華民國專屬經濟海域內抽取的海砂,是海巡人員誤會了。
由於查獲的300公噸海砂已回填原本海域,回復生態,法官登船履勘並採集船上各處殘留微量海砂,送請台灣大學海洋研究所分析砂源,認定確為澎湖「台灣淺灘」海域的海砂,且認罪協商的船員也供稱,船上本來就有壓水艙,藉由抽取或排出海水,保持航行中船體平衡。
法官認為華益九號無須耗費金錢物力堆放海砂壓艙,而且更加耗油,現代船舶為了維持船舶穩定度,降低船舶在水面上高度,避免海象不佳時翻覆,常會汲取海水到船艙内,增加船舶重量壓艙,當船舶載重或入港時,再排出壓艙水,若使用海砂壓艙,因海砂具有「不易扶正性」,容易產生「自由液面效益」,導致船身因海象發生傾斜時,壓艙海砂因重力而滑向傾斜的一側,於船身回正時,壓艙海砂不像壓艙海水那樣易於回正,海砂可能續留在傾斜的一側,導致違反船體重心原理而造成船舶翻覆。
依據相關事證,最高法院維持歷審見解,將船長陳男判刑1年10月定讞。至於這艘總長度126公尺的華益九號,一審判決應沒收,但二審認為陳男是「租船」當船長,船主不是他,改判無須沒收,此爭議引發立法院去年12月三讀通過《土石採取法》、《中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法》修法,違法抽砂的抽砂船,無論是否為行為人所有,都可以沒收。因此最高法院針對應否沒收部分,發回高雄高分院從重新審理。