海巡人員當時將陳偉斌與9名船員連人帶船押返高雄興達港，陳男向警方供稱：「我知道抽砂是非法行為，大陸也禁止抽砂。」但辯稱：「還在開船，就碰到執法船了。」、「因船艙裡面還有海砂，遇到執法船，我怕被誤會，說不清楚，所以就丟掉。」
檢方起訴後，陳男向法官認罪說：「我願意依起訴事實認罪協商，希望早日讓我回家。」但後來翻供只承認「卸砂」，否認「抽砂」，辯稱被查獲的海砂，是從漳州地區出港時就已存放在船艙內，目的是「壓艙」保持船體平衡，並非在中華民國專屬經濟海域內抽取的海砂，是海巡人員誤會了。
由於查獲的300公噸海砂已回填原本海域，回復生態，法官登船履勘並採集船上各處殘留微量海砂，送請台灣大學海洋研究所分析砂源，認定確為澎湖「台灣淺灘」海域的海砂，且認罪協商的船員也供稱，船上本來就有壓水艙，藉由抽取或排出海水，保持航行中船體平衡。
法官認為華益九號無須耗費金錢物力堆放海砂壓艙，而且更加耗油，現代船舶為了維持船舶穩定度，降低船舶在水面上高度，避免海象不佳時翻覆，常會汲取海水到船艙内，增加船舶重量壓艙，當船舶載重或入港時，再排出壓艙水，若使用海砂壓艙，因海砂具有「不易扶正性」，容易產生「自由液面效益」，導致船身因海象發生傾斜時，壓艙海砂因重力而滑向傾斜的一側，於船身回正時，壓艙海砂不像壓艙海水那樣易於回正，海砂可能續留在傾斜的一側，導致違反船體重心原理而造成船舶翻覆。
依據相關事證，最高法院維持歷審見解，將船長陳男判刑1年10月定讞。至於這艘總長度126公尺的華益九號，一審判決應沒收，但二審認為陳男是「租船」當船長，船主不是他，改判無須沒收，此爭議引發立法院去年12月三讀通過《土石採取法》、《中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法》修法，違法抽砂的抽砂船，無論是否為行為人所有，都可以沒收。因此最高法院針對應否沒收部分，發回高雄高分院從重新審理。
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