現年77歲的鄭明析當年涉嫌性侵女信徒，不只韓國，他前往宣教的日本、台灣、香港、中國都傳出案例，他為此逃亡海外而遭通緝，2007年在北京落網，2008年移送韓國受審被判入獄。鄭明析在2018年刑滿戴著電子腳鐐出獄，隨後出現數名女子控告遭鄭明析性侵，他在2022年10月再度被捕，案件正在審理中。
《壹週刊》2001年曾以「邪教主誘姦台大政大百位女生」為題，報導韓國攝理教主鄭明析來台將狼爪深入全台各大校園，包括台大、政大在內的近百名女學生被挑選共浴、發生性關係，還以為是受到主的恩寵。台灣攝理教(台灣基督教福音宣教會)認為報導指他們是幫助性侵、誘姦女教友的邪教、犯罪團體，還侵害鄭明析的名譽權，2016年並對週刊提告要求登報道歉，但被法院判敗訴。
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針對《以神之名：信仰的背叛》引發國人高度討論，台灣基督教福音宣教會在官網貼出聲明，「針對近日網飛Netflix播出新興宗教影集中，以基督教福音宣教會為主題拍攝播出之偏頗內容，本會深表遺憾。」
聲明中並強調，「本會創始人鄭明析牧師多年來唯有宣揚主耶穌基督之愛與和平福音，帶領全世界生命度過健全之信仰生活；然而一直以來都有反對團體刻意抹黑造謠，手法如出一轍。」認為該案在韓國法院仍在審理調查中，這時媒體播出拍攝之影片，「實非採行合理、客觀與公正之方法，如今再以偏頗影片上架串流平台，本會將不予以一一回應，並對媒體及網路上之一切惡意評論保留法律追訴權。」
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