邱顯智說，國安會、移民署面對涉密人員違反《國家機密保護法》，提前出關讓管制國門的法規形同虛設，應該立即啟動內部行政調查，該懲處的就懲處；其次，為釐清真相，請移民署公布當日處長與基層同仁發生爭執之影像畫面，以昭公信。
針對立委揭露此案，總統府上午也緊急道歉，表示這名高層為國安會會內轄理行政工作的事務官，屬應受出境管制人員，經申請核准於1月22日出境，但因航班起飛時間為22日凌晨12時15分，這名官員才提前於21日晚間10時許進行出關查驗，但因核准出境時間未到而未被放行，並因此與工作人員爭執。
總統府發言人林聿禪表示，儘管該員此行出、入境均依其申請起迄時間辦理，但因溝通不當、致生誤會，國安會除依規定處理、檢討外，並向相關單位及負責人員表達歉意。
移民署說明，當事人事前已依相關規定向服務單位完成出國申請程序，因班機表訂時間為翌日0時15分起飛，當事人請假時未考量須預留機場通關及登機作業時間，故查驗出境時遭攔查。經移民署國境事務大隊確認「當事人已完成出國申請程序」並協助通關，該班機於0時8分起飛。
移民署提醒，涉及境管人員欲出國前，除向服務機關提早完成出國申請核准程序；如出國班機為凌晨起飛者，務必將核准出國日期提早一天，以利通關作業順遂。
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